慢性间歇性低氧大鼠肾组织差异蛋白的定量分析:基于TMTPRM技术
慢性间歇性低氧大鼠肾组织差异蛋白的定量分析:基于TMTPRM技术
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DOI：
10.12122/j.issn.1673-4254.2023.11.04
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
陈沁
中科院分区：
文献类型：
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作者：
魏敏;陈乃洁;李璟怡;刘丹;沈双宏;王丰;吴润华;陈沁
目的基于TMT-PRM技术研究慢性间歇性低氧大鼠肾脏组织的蛋白质组学,筛选差异表达蛋白以鉴定潜在的生物标志物。方法将20只SD大鼠随机分为正常组、实验组(n=10)。实验组放入低氧舱内建立慢性间歇性低氧(CIH)大鼠模型。12周后采集肾脏样本,HE染色观察大鼠肾组织形态变化;提取蛋白并酶解和TMT标记,采用LC-MS/MS鉴定蛋白,软件Proteome Discoverer2.4处理数据,进行生物信息学分析,以倍数变化1.2以上或低于0.83为标准,t检验P<0.05作为差异表达蛋白,并应用PRM技术验证候选蛋白的表达情况。结果CIH引起肾脏损伤,肾小球形态不规则,肾小管上皮细胞肿胀等。实验组与正常组比较,筛选出差异表达蛋白有31种,其中表达上调的22种,表达下调的9种。GO功能富集分析显示差异表达蛋白主要参与细胞黏附、缺氧应激、钙离子等生物学过程。KEGG通路富集分析结果显示差异表达蛋白涉及PPAR、AMPK、代谢途径等信号通路。PRM相对定量分析的目标蛋白中进行筛选,P07379(PCK1)、P19132(Fth1)、Q5XI79(Ndufaf7)3个蛋白与TMT定量蛋白质组结果趋势一致。结论应用TMT-PRM技术在慢性间歇性低氧大鼠肾组织筛选出差异表达蛋白有31种,其中P07379 (PCK1)、P19132(Fth1)、Q5XI79(Ndufaf7)可能是与慢性间歇性低氧大鼠肾损伤密切相关的关键蛋白。