Selection and validation of reference genes for RT-qPCR analysis in potato under abiotic stress.
Selection and validation of reference genes for RT-qPCR analysis in potato under abiotic stress.
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非生物胁迫下马铃薯 RT-qPCR 分析参考基因的选择和验证
DOI：
10.1186/s13007-017-0238-7
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
5.1
通讯作者：
Calderón-Urrea A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tang X;Zhang N;Si H;Calderón-Urrea A
研究背景实时定量PCR（Real-time quantitative PCR，RT-qPCR）是目前最常用的基因表达谱检测方法。作为RT-qPCR分析的一部分，数据的标准化需要在不同生物条件下显示均匀表达的内部对照基因。然而，不存在恒定的内部对照基因，因此需要一个以上的参考基因来标准化RT-qPCR结果。结果在实验中，我们检测了8个候选内参基因的表达，即延伸因子1 α（EF 1 α），肌动蛋白，微管蛋白，甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH），腺嘌呤磷酸核糖转移酶（APRT），60 S核糖体蛋白L 8（L 8）、Cullin 3A（CUL 3A）和外囊复合物组分sec 3（sec 3），在代表干旱胁迫和渗透胁迫挑战的不同马铃薯样品组中，并使用geNorm，Normaltek，结论EF 1 α和sec 3基因在干旱和渗透胁迫下表达最稳定条件这一工作将有助于马铃薯基因表达研究的进一步开展，也有利于茄科其他物种如番茄的研究。
BackgroundReal-time quantitative PCR (RT-qPCR) is the most commonly used method for accurately detecting gene expression patterns. As part of RT-qPCR analysis, normalization of the data requires internal control gene(s) that display uniform expression under different biological conditions. However, no invariable internal control gene exists, and therefore more than one reference gene is needed to normalize RT-qPCR results. Identification of stable reference genes in potato will improve assay accuracy for selecting stress-tolerance genes and identifying molecular mechanisms conferring stress tolerance in this species.ResultsIn the experiment, we assessed the expression of eight candidate internal control genes, namely elongation factor-1alpha (EF1α),actin,tubulin, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), adenine phosphoribosyl transferase (APRT), 60S ribosomal protein L8 (L8), Cullin 3A (CUL3A), and exocyst complex component sec3 (sec3), in a diverse set of potato samples representing drought stress and osmotic stress challenges, and using geNorm, NormFinder, BestKeeper and RefFinder softwares.ConclusionsThe results indicated thatEF1αandsec3were the most stably expressed genes in the potato under drought and osmotic stress conditions. This work will facilitate future work on gene expression studies in potato and also benefit other species of theSolanaceae, such as tomato.
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