phangorn: phylogenetic analysis in R.
phangorn: phylogenetic analysis in R.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq706
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发表时间：
2011-02-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Schliep KP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schliep KP
摘要：phangorn是R语言中用于系统发育重建和分析的包。以前只能使用 R. phangorn 的距离方法来估计系统发育树，现在提供了使用基于距离的方法、最大简约或最大似然 (ML) 以及执行 Hadamard 共轭来重建系统发育的可能性。该包扩展了通用机器学习框架，提供了估计混合模型和分区模型的可能性。此外，phangorn 还提供了多种功能，用于比较树、系统发育模型或分裂、模拟字符数据和执行一致性分析。可用性：phangorn可以通过CRAN主页http://cran.r-project.org/web/packages/phangorn/index.html获取。 phangorn 已获得 GPL 2 许可。联系方式：klaus.kschliep@snv.jussieu.fr 补充信息：补充数据可在生物信息学在线获取。
Summary: phangorn is a package for phylogenetic reconstruction and analysis in the R language. Previously it was only possible to estimate phylogenetic trees with distance methods in R. phangorn, now offers the possibility of reconstructing phylogenies with distance based methods, maximum parsimony or maximum likelihood (ML) and performing Hadamard conjugation. Extending the general ML framework, this package provides the possibility of estimating mixture and partition models. Furthermore, phangorn offers several functions for comparing trees, phylogenetic models or splits, simulating character data and performing congruence analyses. Availability: phangorn can be obtained through the CRAN homepage http://cran.r-project.org/web/packages/phangorn/index.html. phangorn is licensed under GPL 2. Contact: klaus.kschliep@snv.jussieu.fr Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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2010-02-12
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