Prediction of transmembrane topology of F0 proteins from Escherichia coli F1F0 ATP synthase using variational and hydrophobic moment analyses.
Prediction of transmembrane topology of F0 proteins from Escherichia coli F1F0 ATP synthase using variational and hydrophobic moment analyses.
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使用变分和疏水矩分析预测大肠杆菌 F1F0 ATP 合酶 F0 蛋白的跨膜拓扑。
DOI：
10.1016/0005-2728(92)90009-q
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发表时间：
1992
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Dao,NN
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vik,SB;Dao,NN
亚基是一种膜蛋白。用傅立叶分析对coliF1F0ATP合成酶的疏水性和氨基酸残基变化进行了研究。利用溶藻弧菌、酿酒酵母菌、粗神经孢子菌、中空曲霉、pombebeschizosaccharomyces parapsilsis的同源亚基氨基酸序列进行变异分析。通过序列变化的傅里叶分析，预测两个跨膜螺旋的一面与膜脂接触，而另一面则被蛋白质屏蔽。通过疏水性傅里叶分析，在膜外区域预测了6个两亲性α-螺旋片段，包括从glu196到Asn-214的区域。大肠杆菌1f0atp合成酶的b-亚基和c-亚基序列变异的傅里叶分析表明，b-亚基的单跨膜跨度和c-亚基的末端跨度各有一个与膜脂接触的面。在此基础上，提出了a-亚基和c-亚基以及f0配合物的地形模型。
Theasubunit, a membrane protein from theE. coliF1F0ATP synthase has been examined by Fourier analysis of hydrophobicity and of amino-acid residue variation. The amino-acid sequences of homologous subunits fromVibrio alginolyticus,Saccharomyces cerevisiae,Neurospora crassa,Aspergillus nidulans,Schizosaccharomyces pombeandCandida parapsilosiswere used in the variability analysis. By Fourier analysis of sequence variation, two transmembrane helices are predicted to have one face in contact with membrane lipids, while the other spans are predicted to be more shielded from the lipids by protein. By Fourier analysis of hydrophobicity, six amphipathic α-helical segments are predicted in extra-membrane regions, including the region from Glu-196 to Asn-214. Fourier analysis of sequence variation in theb- and thec-subunits of theEscherichia coliF1F0ATP synthase indicates that the single transmembrane span of theb-subunit and the C-terminal span of thecsubunit each have a face in contact with membrane lipids. On the basis of this analysis topographical models for thea- andc-subunits and for the F0complex are proposed.
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