CPA-seq reveals small ncRNAs with methylated nucleosides and diverse termini.
CPA-seq reveals small ncRNAs with methylated nucleosides and diverse termini.
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DOI：
10.1038/s41421-021-00265-2
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发表时间：
2021-04-19
期刊：
影响因子：
33.5
通讯作者：
Huang P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang H;Huang R;Li L;Zhu J;Li Z;Peng C;Zhuang X;Lin H;Shi S;Huang P
高通量测序揭示了小的非编码RNA（sRNA）的复杂景观。然而，由于需要RNA中的5′-单磷酸和3′-羟基进行衔接子连接，并且受到干扰逆转录的甲基化核苷的阻碍，限制了它。在这里，我们开发了Cap-Clip酸性焦磷酸酶（Cap-Clip）、T4多核苷酸激酶（PNK）和AlkB/AlkB（D135 S）促进的小ncRNA测序（CPA-seq）来检测和定量具有末端多重性和核苷甲基化的sRNA。CPA-seq鉴定了大量以前未检测到的sRNA。用或不用AlkB/AlkB（D135 S）处理的sRNA的比较揭示了sRNA上的核苷甲基化。使用CPA-seq，我们分析了9种小鼠组织的sRNA转录组（sRNomes），并报告了sRNA的广泛组织特异性差异。我们还观察了sRNomes在肝重编程过程中的转变。敲除富含间充质干细胞的U1-5′ snsRNA促进肝脏重编程CPA-seq是一个强大的工具，具有高灵敏度和特异性，用于分析具有甲基化核苷和不同末端的sRNA。
High-throughput sequencing reveals the complex landscape of small noncoding RNAs (sRNAs). However, it is limited by requiring 5′-monophosphate and 3′-hydroxyl in RNAs for adapter ligation and hindered by methylated nucleosides that interfere with reverse transcription. Here we develop Cap-Clip acid pyrophosphatase (Cap-Clip), T4 polynucleotide kinase (PNK) and AlkB/AlkB(D135S)-facilitated small ncRNA sequencing (CPA-seq) to detect and quantify sRNAs with terminus multiplicities and nucleoside methylations. CPA-seq identified a large number of previously undetected sRNAs. Comparison of sRNAs with or without AlkB/AlkB(D135S) treatment reveals nucleoside methylations on sRNAs. Using CPA-seq, we profiled the sRNA transcriptomes (sRNomes) of nine mouse tissues and reported the extensive tissue-specific differences of sRNAs. We also observed the transition of sRNomes during hepatic reprogramming. Knockdown of mesenchymal stem cell-enriched U1-5′ snsRNA promoted hepatic reprogramming. CPA-seq is a powerful tool with high sensitivity and specificity for profiling sRNAs with methylated nucleosides and diverse termini.
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