PlantTFDB 4.0: toward a central hub for transcription factors and regulatory interactions in plants.
PlantTFDB 4.0: toward a central hub for transcription factors and regulatory interactions in plants.
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PlantTFDB 4.0：成为植物转录因子和调控相互作用的中心枢纽。
DOI：
10.1093/nar/gkw982
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gao G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jin J;Tian F;Yang DC;Meng YQ;Kong L;Luo J;Gao G
为了提供一个全面、高质量的植物转录因子及其与靶基因调控相互作用的数据库，我们对植物转录因子数据库PlantTFDB（http：//planttfdb.cbi.pku.edu.cn/）进行了升级。在新版本中，我们确定了320 370 TF从165种，提出了一个更全面的基因组TF库的绿色植物。除了更新已有的丰富的TF功能和进化注释外，我们还产生了三种新的注释类型，它们为研究其功能机制提供了更直接的线索：（i）一组来自实验的高质量、非冗余的TF结合基序;（ii）从高通量测序数据中鉴定的多种类型的调控元件;（iii）从高通量测序数据中鉴定的转录因子。（iii）从文献中策划并通过结合TF结合基序和调控元件推断的调控相互作用。此外，我们升级了原有的TF预测服务器，并建立了四个新的工具，用于调控预测和功能富集分析。最后，我们建立了一个新的配套门户网站PlantRegMap（http：plantregmap.cbi.pku.edu.cn），用户可以方便地访问法规资源和分析工具。
With the goal of providing a comprehensive, high-quality resource for both plant transcription factors (TFs) and their regulatory interactions with target genes, we upgraded plant TF database PlantTFDB to version 4.0 (http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/). In the new version, we identified 320 370 TFs from 165 species, presenting a more comprehensive genomic TF repertoires of green plants. Besides updating the pre-existing abundant functional and evolutionary annotation for identified TFs, we generated three new types of annotation which provide more directly clues to investigate functional mechanisms underlying: (i) a set of high-quality, non-redundant TF binding motifs derived from experiments; (ii) multiple types of regulatory elements identified from high-throughput sequencing data; (iii) regulatory interactions curated from literature and inferred by combining TF binding motifs and regulatory elements. In addition, we upgraded previous TF prediction server, and set up four novel tools for regulation prediction and functional enrichment analyses. Finally, we set up a novel companion portal PlantRegMap (http://plantregmap.cbi.pku.edu.cn) for users to access the regulation resource and analysis tools conveniently.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
DOI：
10.1073/pnas.1316278111
发表时间：
2014-02-11
影响因子：
11.1
作者：
Franco-Zorrilla, Jose M.;Lopez-Vidriero, Irene;Solano, Roberto
通讯作者：
Solano, Roberto
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影响因子：
14.9
作者：
Matys V;Kel-Margoulis OV;Fricke E;Liebich I;Land S;Barre-Dirrie A;Reuter I;Chekmenev D;Krull M;Hornischer K;Voss N;Stegmaier P;Lewicki-Potapov B;Saxel H;Kel AE;Wingender E
通讯作者：
Wingender E
影响因子：
14.9
作者：
Mathelier A;Fornes O;Arenillas DJ;Chen CY;Denay G;Lee J;Shi W;Shyr C;Tan G;Worsley-Hunt R;Zhang AW;Parcy F;Lenhard B;Sandelin A;Wasserman WW
通讯作者：
Wasserman WW
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影响因子：
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作者：
Jin J;He K;Tang X;Li Z;Lv L;Zhao Y;Luo J;Gao G
通讯作者：
Gao G