Base Editor Scanning Reveals Activating Mutations of DNMT3A.
Base Editor Scanning Reveals Activating Mutations of DNMT3A.
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DOI：
10.1021/acschembio.3c00257
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发表时间：
2023-09-15
影响因子：
4
通讯作者：
Liau, Brian B.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Garcia, Emma M.;Lue, Nicholas Z.;Liang, Jessica K.;Lieberman, Whitney K.;Hwang, Derek D.;Woods, James C.;Liau, Brian B.
DNA甲基转移酶3A （DNMT3A）是一种新的胞嘧啶甲基转移酶，在哺乳动物发育过程中负责建立适当的DNA甲基化。DNMT3A的功能缺失（LOF）突变，包括热点突变R882H，经常发生在发育性生长障碍和血液系统疾病中，包括克隆造血和急性髓系白血病（AML）。因此，确定激活DNMT3A的机制具有基础和治疗意义。在这里，我们应用了碱基编辑器突变扫描策略和改进的DNA甲基化报告器来系统地识别细胞中的DNMT3A激活突变。通过整合具有或不具有LOF热点R882H突变的配对等基因细胞系的优化细胞招募策略，我们鉴定并验证了DNMT3A调节ADD结构域内或与之相互作用的三种不同的超激活突变，并将这些区域指定为药物干预的潜在功能靶点。值得注意的是，这些突变仍然在杂合R882H突变的背景下激活。总之，我们展示了碱基编辑器扫描发现目标蛋白功能区的实用性。
DNA methyltransferase 3A (DNMT3A) is a de novo cytosine methyltransferase responsible for establishing proper DNA methylation during mammalian development. Loss-of-function (LOF) mutations to DNMT3A, including the hotspot mutation R882H, frequently occur in developmental growth disorders and hematological diseases, including clonal hematopoiesis and acute myeloid leukemia (AML). Accordingly, identifying mechanisms that activate DNMT3A is of both fundamental and therapeutic interest. Here, we applied a base editor mutational scanning strategy with an improved DNA methylation reporter to systematically identify DNMT3A activating mutations in cells. By integrating an optimized cellular recruitment strategy with paired isogenic cell lines with or without the LOF hotspot R882H mutation, we identify and validate three distinct hyperactivating mutations within or interacting with the regulatory ADD domain of DNMT3A, nominating these regions as potential functional target sites for pharmacological intervention. Notably, these mutations are still activating in the context of a heterozygous R882H mutation. Altogether, we showcase the utility of base editor scanning for discovering functional regions of target proteins.
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影响因子：
14.9
作者：
Emperle M;Rajavelu A;Kunert S;Arimondo PB;Reinhardt R;Jurkowska RZ;Jeltsch A
通讯作者：
Jeltsch A
在单细胞水平上表观遗传调节的动力学。
DOI：
10.1126/science.aab2956
发表时间：
2016-02-12
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Bintu L;Yong J;Antebi YE;McCue K;Kazuki Y;Uno N;Oshimura M;Elowitz MB
通讯作者：
Elowitz MB
影响因子：
50.3
作者：
Russler-Germain DA;Spencer DH;Young MA;Lamprecht TL;Miller CA;Fulton R;Meyer MR;Erdmann-Gilmore P;Townsend RR;Wilson RK;Ley TJ
通讯作者：
Ley TJ
影响因子：
14.8
作者：
Lue, Nicholas Z.;Garcia, Emma M.;Liau, Brian B.
通讯作者：
Liau, Brian B.
DOI：
10.1056/nejmoa1005143
发表时间：
2010-12-16
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Ley TJ;Ding L;Walter MJ;McLellan MD;Lamprecht T;Larson DE;Kandoth C;Payton JE;Baty J;Welch J;Harris CC;Lichti CF;Townsend RR;Fulton RS;Dooling DJ;Koboldt DC;Schmidt H;Zhang Q;Osborne JR;Lin L;O'Laughlin M;McMichael JF;Delehaunty KD;McGrath SD;Fulton LA;Magrini VJ;Vickery TL;Hundal J;Cook LL;Conyers JJ;Swift GW;Reed JP;Alldredge PA;Wylie T;Walker J;Kalicki J;Watson MA;Heath S;Shannon WD;Varghese N;Nagarajan R;Westervelt P;Tomasson MH;Link DC;Graubert TA;DiPersio JF;Mardis ER;Wilson RK
通讯作者：
Wilson RK