Lattice Models of Bacterial Nucleoids.
Lattice Models of Bacterial Nucleoids.
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DOI：
10.1021/acs.jpcb.7b11770
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发表时间：
2018-05-31
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Olson AJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Goodsell DS;Autin L;Olson AJ
中尺度分子建模为研究活细胞的内部运作提供了一个新的窗口。然而，基因组建模仍然是一个技术挑战，由于其庞大的规模和复杂性。我们描述了一种网格方法，用于快速生成细菌类核模型，该模型集成了来自各种生物物理技术的实验数据，并为模拟和假设生成提供了一个起点。目前的方法建立了一个圆形细菌基因组的模型，超螺旋plectonemes，包装在细菌细胞的小空间。格模型生成生殖支原体和大肠杆菌类核，并用于模拟相互作用的数据。该方法是足够快，允许生成多个模型时，分析结构/功能的关系，我们展示了使用的晶格模型在创建一个全原子表示的整个细胞。
Mesoscale molecular modeling is providing a new window on the inner workings of living cells. Modeling of genomes, however, remains a technical challenge, due to their large size and complexity. We describe a lattice method for rapid generation of bacterial nucleoid models that integrates experimental data from a variety of biophysical techniques and provides a starting point for simulation and hypothesis generation. The current method builds models of a circular bacterial genome with supercoiled plectonemes, packed within the small space of the bacterial cell. Lattice models are generated for Mycoplasma genitalium and Escherichia coli nucleoids, and used to simulate interaction data. The method is rapid enough to allow generation of multiple models when analyzing structure/function relationships, and we demonstrate use of the lattice models in creation of an all-atom representation of an entire cell.
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影响因子：
5.6
作者：
LAW, SM;BELLOMY, GR;RECORD, MT
通讯作者：
RECORD, MT
影响因子：
16.6
作者：
Trussart M;Yus E;Martinez S;Baù D;Tahara YO;Pengo T;Widjaja M;Kretschmer S;Swoger J;Djordjevic S;Turnbull L;Whitchurch C;Miyata M;Marti-Renom MA;Lluch-Senar M;Serrano L
通讯作者：
Serrano L
影响因子：
2.9
作者：
Marko, JF;Poirier, MG
通讯作者：
Poirier, MG
基因组组织在大肠杆菌染色体的核苷酸分辨率分子模型中的特征。
影响因子：
14.9
作者：
Hacker WC;Li S;Elcock AH
通讯作者：
Elcock AH
DOI：
10.1073/pnas.0605305103
发表时间：
2006-08-15
影响因子：
11.1
作者：
Jun, Suckjoon;Mulder, Bela
通讯作者：
Mulder, Bela