Parallel DNA Sequence Alignment on the Cell Broadband Engine
Parallel DNA Sequence Alignment on the Cell Broadband Engine
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Cell 宽带引擎上的并行 DNA 序列比对
DOI：
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发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
B. Schmidt
中科院分区：
文献类型：
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作者：
A. Wirawan;C. Kwoh;B. Schmidt
序列比对是生物信息学中最重要的技术之一。尽管针对这个问题存在高效的动态编程算法，但在传统计算机架构上，非常长的 DNA 序列的比对仍然需要大量时间。在本文中，我们提出了 DNA 序列比对到 Cell BE 多核架构的可扩展且高效的映射。我们的映射使用两种类型的并行化技术：(i) 处理器内的 SIMD 矢量化和 (ii) 处理器之间的波前并行化。
Sequence alignment is one of the most important techniques in Bioinformatics. Although efficient dynamic programming algorithms exist for this problem, the alignment of very long DNA sequences still requires significant time on traditional computer architectures. In this paper, we present a scalable and efficient mapping of DNA sequence alignment onto the Cell BE multicore architecture. Our mapping uses two types of parallelization techniques: (i) SIMD vectorization within a processor and (ii) wavefront parallelization between processors.