RNAstructure: Web servers for RNA secondary structure prediction and analysis.
RNAstructure: Web servers for RNA secondary structure prediction and analysis.
复制标题
RNAstructure：用于RNA二级结构预测和分析的Web服务器。
DOI：
10.1093/nar/gkt290
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发表时间：
2013-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Mathews DH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bellaousov S;Reuter JS;Seetin MG;Mathews DH
RNAstructure是一个RNA二级结构预测和分析软件包。本文描述了一组新的Web服务器来提供其功能。Web服务器提供RNA二级结构预测，包括自由能最小化，最大预期精度结构预测和伪结预测。还提供了双分子二级结构预测。此外，服务器可以预测在两个同源物或两个以上同源物中保守的二级结构。对于给定的RNA结构，可以使用最近邻规则预测折叠自由能的变化。二级结构可以使用圆形图或评分方法、灵敏度和阳性预测值进行比较。此外，结构图可以呈现为SVG，postscript，jpeg或pdf。该网络服务器可在http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb上免费供公众使用。
RNAstructure is a software package for RNA secondary structure prediction and analysis. This contribution describes a new set of web servers to provide its functionality. The web server offers RNA secondary structure prediction, including free energy minimization, maximum expected accuracy structure prediction and pseudoknot prediction. Bimolecular secondary structure prediction is also provided. Additionally, the server can predict secondary structures conserved in either two homologs or more than two homologs. Folding free energy changes can be predicted for a given RNA structure using nearest neighbor rules. Secondary structures can be compared using circular plots or the scoring methods, sensitivity and positive predictive value. Additionally, structure drawings can be rendered as SVG, postscript, jpeg or pdf. The web server is freely available for public use at: http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb.
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