Local DNA topography correlates with functional noncoding regions of the human genome.
Local DNA topography correlates with functional noncoding regions of the human genome.
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DOI：
10.1126/science.1169050
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发表时间：
2009-04-17
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Margulies EH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Parker SC;Hansen L;Abaan HO;Tullius TD;Margulies EH
DNA的三维分子结构，特别是基因组DNA的骨架和凹槽的形状，可能会受到核苷酸变化的显著影响，这可能会导致蛋白质结合亲和力和表型的差异。我们开发了一种算法来测量约束的基础上的相似性的DNA拓扑结构之间的多个物种使用羟基自由基裂解模式来询问溶剂可及的表面面积的DNA。该算法发现，人类基因组中12%的碱基是进化限制的，是基于核苷酸序列的算法检测到的数量的两倍。与功能性非编码元件（包括增强子）相关的地形信息约束区域比仅基于核苷酸序列识别的区域更好。这些结果支持了DNA分子形状处于选择之下的观点，并且可以识别进化历史。
The three-dimensional molecular structure of DNA, specifically the shape of the backbone and grooves of genomic DNA, can be dramatically affected by nucleotide changes, which can cause differences in protein binding affinity and phenotype. We developed an algorithm to measure constraint on the basis of similarity of DNA topography among multiple species using hydroxyl radical cleavage patterns to interrogate the solvent accessible surface area of DNA. This algorithm found that 12% of bases in the human genome are evolutionarily constrained—double the number detected by nucleotide sequence-based algorithms. Topography-informed constrained regions correlated with functional non-coding elements, including enhancers, better than regions identified solely on the basis of nucleotide sequence. These results support the idea that the molecular shape of DNA is under selection and can identify evolutionary history.
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影响因子：
7
作者：
Margulies, EH;Blanchette, M;Green, ED
通讯作者：
Green, ED
DOI：
10.1126/science.1160930
发表时间：
2008-10-17
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Wilson MD;Barbosa-Morais NL;Schmidt D;Conboy CM;Vanes L;Tybulewicz VL;Fisher EM;Tavaré S;Odom DT
通讯作者：
Odom DT
影响因子：
14.9
作者：
Bulyk, ML;Johnson, PLF;Church, GM
通讯作者：
Church, GM
影响因子：
7
作者：
Margulies, Elliott H.;Cooper, Gregory M.;Sidow, Arend
通讯作者：
Sidow, Arend
影响因子：
64.8
作者：
Kellis, M;Patterson, N;Lander, ES
通讯作者：
Lander, ES