The Network Library: a framework to rapidly integrate network biology resources

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网络图书馆：快速整合网络生物学资源的框架

DOI：
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发表时间：
2016
期刊：
Bioinform.
影响因子：
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通讯作者：
S. Heymans
S. Heymans
中科院分区：
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文献类型：
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作者：
G. Summer;Thomas Kelder;M. Radonjic;M. Bilsen;S. Wopereis;S. Heymans

文献摘要

被引文献

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动机 过去几十年来积累的大部分生物学知识都存储在由各种组织和机构管理的不同数据库中。整合和连接这些庞大的知识库是一种非常有用的方法，可以支持生命科学研究并帮助形成新的假设。 结果 我们开发了网络图书馆（NL），这是一个框架和工具集，可以快速整合不同的知识源，以构建与特定研究问题相匹配的网络生物学资源。作为一个用例，我们通过整合6个数据库探索心力衰竭相关基因与miRNA和疾病的相互作用。 可用性和执行 NL是开源的，用Java开发，可以在Github上获得（https：//github.com/gsummer）。 接触 georg.summer@gmail.com。
MOTIVATION Much of the biological knowledge accumulated over the last decades is stored in different databases governed by various organizations and institutes. Integrating and connecting these vast knowledge repositories is an extremely useful method to support life sciences research and help formulate novel hypotheses. RESULTS We developed the Network Library (NL), a framework and toolset to rapidly integrate different knowledge sources to build a network biology resource that matches a specific research question. As a use-case we explore the interactions of genes related to heart failure with miRNAs and diseases through the integration of 6 databases. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION The NL is open-source, developed in Java and available on Github (https://github.com/gsummer). CONTACT georg.summer@gmail.com.