Massively parallel polymerase cloning and genome sequencing of single cells using nanoliter microwells.
Massively parallel polymerase cloning and genome sequencing of single cells using nanoliter microwells.
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DOI：
10.1038/nbt.2720
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发表时间：
2013-12
影响因子：
46.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
单细胞基因组测序有多种应用，包括鉴定难以培养的微生物和鉴定来自哺乳动物组织的单细胞的体细胞突变。这一过程的一个主要障碍是在从单个细胞中扩增遗传物质的过程中存在偏见，这一过程被称为聚合酶克隆。在这里，我们描述了微孔位移扩增系统（MIDAS），这是一种大规模平行聚合酶克隆方法，其中单个细胞随机分布在数百至数千纳升的孔中，并同时扩增以进行鸟枪测序。MIDAS减少了扩增偏倚，因为聚合酶克隆发生在物理分离的纳升级反应器中，便于从单个大肠杆菌细胞中重新组装近乎完整的微生物基因组。此外，MIDAS使我们能够以1 - 2mb的分辨率检测初级人类成年神经元的单拷贝数变化。MIDAS将进一步表征许多异质细胞群体的基因组多样性。
Genome sequencing of single cells has a variety of applications, including characterizing difficult-to-culture microorganisms and identifying somatic mutations in single cells from mammalian tissues. A major hurdle in this process is the bias in amplifying the genetic material from a single cell, a procedure known as polymerase cloning. Here we describe the microwell displacement amplification system (MIDAS), a massively parallel polymerase cloning method in which single cells are randomly distributed into hundreds to thousands of nanoliter wells and simultaneously amplified for shotgun sequencing. MIDAS reduces amplification bias because polymerase cloning occurs in physically separated nanoliter-scale reactors, facilitating the de novo assembly of near-complete microbial genomes from single E. coli cells. In addition, MIDAS allowed us to detect single-copy number changes in primary human adult neurons at 1–2 Mb resolution. MIDAS will further the characterization of genomic diversity in many heterogeneous cell populations.
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通讯作者：
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Marcy, Yann;Ishoey, Thomas;Lasken, Roger S.;Stockwell, Timothy B.;Walenz, Brian P.;Halpern, Aaron L.;Beeson, Karen Y.;Goldberg, Susanne M. D.;Quake, Stephen R.
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Quake, Stephen R.
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作者：
Navin N;Kendall J;Troge J;Andrews P;Rodgers L;McIndoo J;Cook K;Stepansky A;Levy D;Esposito D;Muthuswamy L;Krasnitz A;McCombie WR;Hicks J;Wigler M
通讯作者：
Wigler M
DOI：
10.1073/pnas.0808028105
发表时间：
2008-10-07
影响因子：
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作者：
Pan, Xinghua;Urban, Alexander Eckehart;Weissman, Sherman M.
通讯作者：
Weissman, Sherman M.
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作者：
Shendure, J;Porreca, GJ;Church, GM
通讯作者：
Church, GM