Transcriptomic analysis of the woodchuck model of chronic hepatitis B.
Transcriptomic analysis of the woodchuck model of chronic hepatitis B.
复制标题
DOI：
10.1002/hep.25730
复制
发表时间：
2012-09
期刊：
影响因子：
13.5
通讯作者：
Menne, Stephan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fletcher, Simon P.;Chin, Daniel J.;Ji, Yongmei;Iniguez, A. Leonardo;Taillon, Bruce;Swinney, David C.;Ravindran, Palanikumar;Cheng, Donavan T.;Bitter, Hans;Lopatin, Uri;Ma, Han;Klumpp, Klaus;Menne, Stephan
东方土拨鼠(旱獭Monax)自然感染土拨鼠肝炎病毒(WHV)，这是一种与人类乙肝病毒(HBV)密切相关的肝炎病毒。土拨鼠被用作研究人类慢性乙型肝炎(CHB)和乙肝病毒相关性肝细胞癌(HCC)的动物模型，但由于缺乏序列信息，迄今无法进行功能基因组学分析。为了解决这个模型的主要局限性，我们在这里报告了土拨鼠转录组的测序、组装和注释，以及定制土拨鼠微阵列的生成。利用这个新平台，我们研究了WHV持续感染和WHV诱导的肝细胞癌的转录反应。这表明，慢性WHV感染与乙肝病毒一样，与(I)有限的肝内I型干扰素反应，(Ii)肝内诱导与T细胞耗竭相关的标志物，(Iii)肝内细胞因子信号抑制物3(SOCS3)水平升高，以及(Iv)中性粒细胞在肝内聚集有关。强调土拨鼠模型的翻译价值，这项研究还确定WHV诱导的肝癌与预后较差的人类肝癌的一个亚型具有相同的分子特征。我们的数据建立了土拨鼠模型的翻译价值，并为免疫途径提供了新的见解，这些途径可能在乙肝病毒感染的持久性或慢性乙肝的后遗症中发挥作用。
The Eastern woodchuck (Marmota monax) is naturally infected with woodchuck hepatitis virus (WHV), a hepadnavirus closely related to the human hepatitis B virus (HBV). The woodchuck is used as an animal model for studying chronic hepatitis B (CHB) and HBV-associated hepatocellular carcinoma (HCC) in humans, but the lack of sequence information has hitherto precluded functional genomics analysis. To address this major limitation of the model, we report here the sequencing, assembly and annotation of the woodchuck transcriptome, together with the generation of custom woodchuck microarrays. Using this new platform, we characterized the transcriptional response to persistent WHV infection and WHV-induced HCC. This revealed that chronic WHV infection, like HBV, is associated with (i) a limited intrahepatic type I interferon response, (ii) intrahepatic induction of markers associated with T cell exhaustion, (iii) elevated levels of suppressor of cytokine signaling 3 (SOCS3) in the liver, and (iv) intrahepatic accumulation of neutrophils. Underscoring the translational value of the woodchuck model, this study also determined that WHV-induced HCC shares molecular characteristics with a subtype of human HCC with poor prognosis. Our data establish the translational value of the woodchuck model and provide new insights into immune pathways which may play a role either in the persistence of HBV infection or the sequelae of CHB.
登录
查看更多内容
影响因子：
11.2
作者：
Hoshida Y;Nijman SM;Kobayashi M;Chan JA;Brunet JP;Chiang DY;Villanueva A;Newell P;Ikeda K;Hashimoto M;Watanabe G;Gabriel S;Friedman SL;Kumada H;Llovet JM;Golub TR
通讯作者：
Golub TR
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
4.4
作者：
Kim, Jung-Hwan;Luo, Jiann-Kae;Zhang, Dong-Er
通讯作者：
Zhang, Dong-Er
影响因子：
64.8
作者：
FOUREL, G;TREPO, C;BUENDIA, MA
通讯作者：
BUENDIA, MA
影响因子：
13.5
作者：
Boyault, Sandrine;Rickman, David S.;Zucman-Rossi, Jessica
通讯作者：
Zucman-Rossi, Jessica