Integrative Transcriptome Analyses Empower the Anti-COVID-19 Drug Arsenal.
Integrative Transcriptome Analyses Empower the Anti-COVID-19 Drug Arsenal.
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DOI：
10.1016/j.isci.2020.101697
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发表时间：
2020-11-20
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Rafei M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
El-Hachem N;Eid E;Nemer G;Dbaibo G;Abbas O;Rubeiz N;Zeineldine S;Matar GM;Bikorimana JP;Shammaa R;Haibe-Kains B;Kurban M;Rafei M
21世纪初，人畜共患冠状病毒在人类人口中爆发了三波不同的浪潮。新冠肺炎(2019年冠状病毒病)大流行是由严重急性呼吸综合征冠状病毒2号(SARS-CoV-2)引起的，并成为危及全球数百万人生计的全球威胁。目前，尽管进行了合作，但正在进行的临床试验中的不同治疗策略仍存在争议。为了满足对这种即时行动号召的需求，我们利用了药物诱导转录干扰的最大数据集、公共SARS-CoV-2转录数据集和正常肺转录的表达谱。最重要的是，我们不偏不倚的系统生物学方法优先考虑了50多种可重复使用的候选药物(例如，皮质类固醇、Janus激酶和Bruton激酶抑制剂)。对这些FDA批准的候选药物进行进一步的临床研究，作为单一疗法或与抗病毒方案(例如，瑞希韦)联合使用，可能会在新冠肺炎患者中产生有希望的结果。一大批跨越SARS-CoV-2转录环境的药物再利用途径浓缩揭示了肿瘤坏死因子-核转录因子-BTKB信号是新冠肺炎药物浓缩的靶向标志确定κ抑制剂是新冠肺炎的可重复使用候选药物确定候选药物值得在SARS-CoV-2感染模型中进行研究病毒学、生物信息学、系统生物学
The beginning of the 21st century has been marked by three distinct waves of zoonotic coronavirus outbreaks into the human population. The COVID-19 (coronavirus disease 2019) pandemic is caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and emerged as a global threat endangering the livelihoods of millions worldwide. Currently, and despite collaborative efforts, diverse therapeutic strategies from ongoing clinical trials are still debated. To address the need for such an immediate call of action, we leveraged the largest dataset of drug-induced transcriptomic perturbations, public SARS-CoV-2 transcriptomic datasets, and expression profiles from normal lung transcriptomes. Most importantly, our unbiased systems biology approach prioritized more than 50 repurposable drug candidates (e.g., corticosteroids, Janus kinase and Bruton kinase inhibitors). Further clinical investigation of these FDA-approved candidates as monotherapy or in combination with an antiviral regimen (e.g., remdesivir) could lead to promising outcomes in patients with COVID-19. A large repertoire of drug repurposing across SARS-CoV-2 transcriptomic settings Pathway enrichment revealed TNF-NF-κB signaling as a targetable hallmark for COVID-19 Drug enrichment identified BTK inhibitors as repurposable candidates for COVID-19 Identified drug candidates warrant investigation in models of SARS-CoV-2 infection Virology; Bioinformatics; Systems Biology
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DOI：
10.1038/nrmicro.2016.81
发表时间：
2016-08
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
de Wit E;van Doremalen N;Falzarano D;Munster VJ
通讯作者：
Munster VJ
DOI：
10.4049/jimmunol.1601896
发表时间：
2017-05-15
期刊：
Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
影响因子：
--
作者：
Channappanavar R;Fett C;Mack M;Ten Eyck PP;Meyerholz DK;Perlman S
通讯作者：
Perlman S
DOI：
10.1073/pnas.0603144103
发表时间：
2006-08-22
影响因子：
11.1
作者：
Kamitani, Wataru;Narayanan, Krishna;Makino, Shinji
通讯作者：
Makino, Shinji
影响因子：
168.9
作者：
Huang, Chaolin;Wang, Yeming;Cao, Bin
通讯作者：
Cao, Bin
影响因子：
5.4
作者：
Kopecky-Bromberg, Sarah A.;Martinez-Sobrido, Luis;Palese, Peter
通讯作者：
Palese, Peter