Inferring the functions of longevity genes with modular subnetwork biomarkers of Caenorhabditis elegans aging
Inferring the functions of longevity genes with modular subnetwork biomarkers of Caenorhabditis elegans aging
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DOI：
10.1186/gb-2010-11-2-r13
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发表时间：
2010-01-01
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Jurisica, Igor
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fortney, Kristen;Kotlyar, Max;Jurisica, Igor
老年生物学的一个中心目标是确定衰老的强大基因表达生物标志物。在这里，我们开发了一种方法，其中生物标志物是基于年龄依赖性活动和称为模块性的图论属性选择的基因网络。在秀丽隐杆线虫上进行测试，我们的算法比以前的方法产生更好的生物标志物-它们在研究中更保守，并且更好地预测年龄。我们应用这些模块化的生物标志物来分配新的衰老相关的功能，以穷人的特点长寿基因。
A central goal of biogerontology is to identify robust gene-expression biomarkers of aging. Here we develop a method where the biomarkers are networks of genes selected based on age-dependent activity and a graph-theoretic property called modularity. Tested on Caenorhabditis elegans, our algorithm yields better biomarkers than previous methods - they are more conserved across studies and better predictors of age. We apply these modular biomarkers to assign novel aging-related functions to poorly characterized longevity genes.