Capturing variation in metagenomic assembly graphs with MetaCortex
Capturing variation in metagenomic assembly graphs with MetaCortex
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使用 MetaCortex 捕获宏基因组装配图的变化
DOI：
10.1101/2021.07.23.453484
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Martin S
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Martin S
来自宏基因组样本的连续序列的组装提出了一个特殊的挑战，因为存在多个物种，通常是密切相关的，丰度不同。捕获物种内的多样性，例如，病毒单倍型或细菌菌株水平的多样性，更具挑战性。结果MetaCortex是一个元基因组组装器，它通过在装配图中搜索组装序列的局部变异特征并以序列图格式输出这些序列来捕获种内多样性。研究表明，与其他流行的宏基因组组装器相比，MetaCortex在具有高水平菌株多样性的模拟病毒群落和含有模拟菌株的模拟群落上产生准确的组装体，具有更高的基因组覆盖率和邻近性。可用性和实现源代码可从https://github.com/SR-Martin/metacortex免费下载，使用C语言实现，支持MacOS和Linux。本文中给出的结果所使用的版本可在doi.org/10.5281/zenodo.7273627.Supplementary information上获得，补充数据可在bioinformaticsonline上获得。
MotivationThe assembly of contiguous sequence from metagenomic samples presents a particular challenge, due to the presence of multiple species, often closely related, at varying levels of abundance. Capturing diversity within species, for example, viral haplotypes, or bacterial strain-level diversity, is even more challenging.ResultsWe present MetaCortex, a metagenome assembler that captures intra-species diversity by searching for signatures of local variation along assembled sequences in the underlying assembly graph and outputting these sequences in sequence graph format. We show that MetaCortex produces accurate assemblies with higher genome coverage and contiguity than other popular metagenomic assemblers on mock viral communities with high levels of strain-level diversity and on simulated communities containing simulated strains.Availability and implementationSource code is freely available to download from https://github.com/SR-Martin/metacortex, is implemented in C and supported on MacOS and Linux. The version used for the results presented in this article is available at doi.org/10.5281/zenodo.7273627.Supplementary informationSupplementary data are available atBioinformaticsonline.
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