AlphaFold2 Workflow Optimization for High Throughput Predictions in HPC Environment
AlphaFold2 Workflow Optimization for High Throughput Predictions in HPC Environment
复制标题
用于 HPC 环境中高吞吐量预测的 AlphaFold2 工作流程优化
DOI：
10.1145/3491418.3535181
复制
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Carnevale, Vincenzo
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Posada, Edwin Fernando;McGee, Francisco;Berger, Richard;Dorrell, Mitchell;Lamanna, Jason;Sanielevici, Sergiu;Carnevale, Vincenzo
在这项工作中，我们提出了一种高吞吐量实现，可以在高性能计算环境中有效地执行AlphaFold 2。在这种情况下，我们已经测试了我们提出的工作流程与T1050 CASP 14序列PSC的桥梁-2 HPC系统。结果表明，在仅计算的运行时得到了改进，并且在同时计算许多结构时有机会重用蛋白质数据库，这将节省大量时间，同时最大限度地利用计算资源。
In this work, we propose a high-throughput implementation that executes AlphaFold2 efficiently in a High-Performance Computing environment. In this case, we have tested our proposed workflow with the T1050 CASP14 sequence on PSC’s Bridges-2 HPC system. The results showed an improvement in computation-only runtimes and the opportunity to reuse the protein databases when calculating many structures simultaneously, which would lead to massive time savings while maximizing the utilization of computing resources.
影响因子：
64.8
作者：
Jumper J;Evans R;Pritzel A;Green T;Figurnov M;Ronneberger O;Tunyasuvunakool K;Bates R;Žídek A;Potapenko A;Bridgland A;Meyer C;Kohl SAA;Ballard AJ;Cowie A;Romera-Paredes B;Nikolov S;Jain R;Adler J;Back T;Petersen S;Reiman D;Clancy E;Zielinski M;Steinegger M;Pacholska M;Berghammer T;Bodenstein S;Silver D;Vinyals O;Senior AW;Kavukcuoglu K;Kohli P;Hassabis D
通讯作者：
Hassabis D
影响因子：
2.9
作者：
Humphrey, W;Dalke, A;Schulten, K
通讯作者：
Schulten, K
影响因子：
16.6
作者：
McGee F;Hauri S;Novinger Q;Vucetic S;Levy RM;Carnevale V;Haldane A
通讯作者：
Haldane A