Maast: genotyping thousands of microbial strains efficiently.
Maast: genotyping thousands of microbial strains efficiently.
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DOI：
10.1186/s13059-023-03030-8
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发表时间：
2023-08-10
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
现有的单核苷酸多态性（SNP）基因分型算法不能用于具有数千个测序菌株的物种，也不能解释同种冗余。在这里，我们提出了一个生物信息学工具，Maast，它使微生物的群体遗传荟萃分析在一个无与伦比的规模。Maast实现了一种新的算法来精确地识别最小的一组不同的同种基因组，然后为每个物种构建一个可靠的SNP面板，并使用全基因组比对和k-mer精确匹配的混合体实现快速准确的基因分型。我们通过对数千种幽门螺杆菌菌株进行基因分型和跟踪SARS-CoV-2多样化来证明Maast的实用性。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s13059-023-03030-8获得。
Existing single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping algorithms do not scale for species with thousands of sequenced strains, nor do they account for conspecific redundancy. Here we present a bioinformatics tool, Maast, which empowers population genetic meta-analysis of microbes at an unrivaled scale. Maast implements a novel algorithm to heuristically identify a minimal set of diverse conspecific genomes, then constructs a reliable SNP panel for each species, and enables rapid and accurate genotyping using a hybrid of whole-genome alignment and k-mer exact matching. We demonstrate Maast’s utility by genotyping thousands of Helicobacter pylori strains and tracking SARS-CoV-2 diversification. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-023-03030-8.
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影响因子：
5.8
作者：
Gardner, Shea N.;Slezak, Tom;Hall, Barry G.
通讯作者：
Hall, Barry G.
影响因子：
5.2
作者：
Jiang X;Xu Z;Zhang T;Li Y;Li W;Tan H
通讯作者：
Tan H
影响因子：
4.3
作者：
Marçais G;Delcher AL;Phillippy AM;Coston R;Salzberg SL;Zimin A
通讯作者：
Zimin A
DOI：
10.1073/pnas.2015523118
发表时间：
2021-06-22
影响因子：
11.1
作者：
Moodley Y;Brunelli A;Ghirotto S;Klyubin A;Maady AS;Tyne W;Muñoz-Ramirez ZY;Zhou Z;Manica A;Linz B;Achtman M
通讯作者：
Achtman M
DOI：
10.1016/j.ijfoodmicro.2018.02.023
发表时间：
2018-06-02
影响因子：
5.4
作者：
Pearce ME;Alikhan NF;Dallman TJ;Zhou Z;Grant K;Maiden MCJ
通讯作者：
Maiden MCJ