Antisense ribosomal siRNAs inhibit RNA polymerase I-directed transcription in C. elegans.
Antisense ribosomal siRNAs inhibit RNA polymerase I-directed transcription in C. elegans.
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反义核糖体 siRNA 抑制秀丽隐杆线虫中 RNA 聚合酶 I 指导的转录
DOI：
10.1093/nar/gkab662
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发表时间：
2021-09-20
影响因子：
14.9
通讯作者：
Feng X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liao S;Chen X;Xu T;Jin Q;Xu Z;Xu D;Zhou X;Zhu C;Guang S;Feng X
摘要真核细胞表达多种内源性小分子调控RNA，这些RNA在细胞核中发挥作用。我们先前发现错误的rRNA诱导反义核糖体siRNA（risiRNA）的产生，其通过核RNAi缺陷（Nrde）途径沉默rRNA的表达。为了进一步了解这类小调控RNA的生物学作用和机制，我们进行了正向遗传筛选，以确定在秀丽隐杆线虫中参与risiRNA生成的因素。我们发现risiRNA在RNA外泌体突变体中积累。risiRNA指导NRDE蛋白与pre-rRNA的结合以及pre-rRNA的沉默。在存在risiRNA的情况下，NRDE-2在核仁中积累并与RNA聚合酶I共定位。risiRNA通过降低RNA干扰靶向位点下游的RNAP I占据率来抑制RNA聚合酶I的转录延伸。同时，在siRNA抑制子（susi）突变体中，外泌体从核仁错误定位到核质，错误的rRNA在其中积累。这些结果建立了核糖核酸酶介导的RNA降解与小RNA介导的核仁RNAi系统相结合的新的rRNA监视模型。
Abstract Eukaryotic cells express a wide variety of endogenous small regulatory RNAs that function in the nucleus. We previously found that erroneous rRNAs induce the generation of antisense ribosomal siRNAs (risiRNAs) which silence the expression of rRNAs via the nuclear RNAi defective (Nrde) pathway. To further understand the biological roles and mechanisms of this class of small regulatory RNAs, we conducted forward genetic screening to identify factors involved in risiRNA generation in Caenorhabditis elegans. We found that risiRNAs accumulated in the RNA exosome mutants. risiRNAs directed the association of NRDE proteins with pre-rRNAs and the silencing of pre-rRNAs. In the presence of risiRNAs, NRDE-2 accumulated in the nucleolus and colocalized with RNA polymerase I. risiRNAs inhibited the transcription elongation of RNA polymerase I by decreasing RNAP I occupancy downstream of the RNAi-targeted site. Meanwhile, exosomes mislocalized from the nucleolus to nucleoplasm in suppressor of siRNA (susi) mutants, in which erroneous rRNAs accumulated. These results established a novel model of rRNA surveillance by combining ribonuclease-mediated RNA degradation with small RNA-directed nucleolar RNAi system.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1038/nrg3355
发表时间：
2013-02
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1261/rna.066589.118
发表时间：
2018-12
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Kobyłecki K;Drążkowska K;Kuliński TM;Dziembowski A;Tomecki R
通讯作者：
Tomecki R
影响因子：
9
作者：
Lee CC;Tsai YT;Kao CW;Lee LW;Lai HJ;Ma TH;Chang YS;Yeh NH;Lo SJ
通讯作者：
Lo SJ
DOI：
10.1126/science.1157647
发表时间：
2008-07-25
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Guang S;Bochner AF;Pavelec DM;Burkhart KB;Harding S;Lachowiec J;Kennedy S
通讯作者：
Kennedy S