Parameterised algorithms of the individual haplotyping problem with gaps
Parameterised algorithms of the individual haplotyping problem with gaps
复制标题
带间隙的个体单倍型分析问题的参数化算法
DOI：
10.1504/ijbra.2013.050746
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发表时间：
2013-12
影响因子：
--
通讯作者：
Jing Wang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Minzhu Xie;Jing Wang
The individual haplotyping problem is the computational problem of constructing two haplotypes from one's DNA fragments. We proposed parameterised algorithms for computational models Minimum SNP Removal (MSR) and Minimum Fragment Removal (MFR) of the problem. For m DNA fragments and n SNPs, our algorithms solve MSR and MFR in O(2knk1k2+m1ogm+nk2+mk1) and O(mk1k22k+23kmk22+m1ogm+nk2+mk1 time respectively, where k1 is the maximum fragment length, k2 is the maximum number of fragments covering a SNP site and k is the maximum number of holes in a fragment. Since k1 and k2 are both small in practice, our algorithms are efficient and applicable.
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DOI：
--
发表时间：
1999-08
期刊：
Proceedings. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
影响因子：
--
作者：
E. Myers
通讯作者：
E. Myers
影响因子：
56.9
作者：
Hinds, DA;Stuve, LL;Cox, DR
通讯作者：
Cox, DR
影响因子：
30.8
作者：
Horikawa, Y;Oda, N;Bell, GI
通讯作者：
Bell, GI
DOI：
10.1007/3-540-44676-1_15
发表时间：
2001-08
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
G. Lancia;V. Bafna;S. Istrail;R. Lippert;R. Schwartz
通讯作者：
G. Lancia;V. Bafna;S. Istrail;R. Lippert;R. Schwartz
DOI：
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发表时间：
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期刊：
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影响因子：
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作者：
Falk Hüffner
通讯作者：
Falk Hüffner