OutbreakTools: a new platform for disease outbreak analysis using the R software.
OutbreakTools: a new platform for disease outbreak analysis using the R software.
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DOI：
10.1016/j.epidem.2014.04.003
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发表时间：
2014-06
期刊：
影响因子：
3.8
通讯作者：
Ferguso, Neil
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jombart, Thibaut;Aanensen, David M.;Baguelin, Marc;Birrell, Paul;Cauchemez, Simon;Camacho, Anton;Colijn, Caroline;Collins, Caitlin;Cori, Anne;Didelot, Xavier;Fraser, Christophe;Frost, Simon;Hens, Niel;Hugues, Joseph;Hohle, Michael;Opatowski, Lulla;Rambautm, Andrew;Ratmann, Oliver;Soubeyrand, Samuel;Suchard, Marc A.;Wallinga, Jacco;Ypma, Rolf;Ferguso, Neil
对传染病暴发的调查依赖于对日益复杂和多样化的数据的分析，这些数据为深入了解疾病传播过程和为公共卫生政策提供信息提供了新的前景。然而，只有使用一些不同的、互补的方法和工具才能利用这些数据的潜力，而且仍然缺乏一个分析疾病爆发的统一平台。本文介绍了一个新的R软件包OutbreakTools，旨在为R语言中的疫情数据管理和分析提供基础。OutbreakTools是由流行病学家、统计学家、建模师和生物信息学家组成的社区开发的，它实现了用于存储、处理和可视化疫情数据的类和方法。它包括真实的和模拟的爆发数据集。与最近在R中提供的一些传染病流行病学工具一起，OutbreakTools有助于出现一个新的，免费和开源的疾病爆发分析平台。
The investigation of infectious disease outbreaks relies on the analysis of increasingly complex and diverse data, which offer new prospects for gaining insights into disease transmission processes and informing public health policies. However, the potential of such data can only be harnessed using a number of different, complementary approaches and tools, and a unified platform for the analysis of disease outbreaks is still lacking. In this paper, we present the new R package OutbreakTools, which aims to provide a basis for outbreak data management and analysis in R. OutbreakTools is developed by a community of epidemiologists, statisticians, modellers and bioinformaticians, and implements classes and methods for storing, handling and visualizing outbreak data. It includes real and simulated outbreak datasets. Together with a number of tools for infectious disease epidemiology recently made available in R, OutbreakTools contributes to the emergence of a new, free and open-source platform for the analysis of disease outbreaks.
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影响因子：
3.8
作者：
Jombart, T.;Eggo, R. M.;Dodd, P. J.;Balloux, F.
通讯作者：
Balloux, F.
影响因子：
1.3
作者：
Hoehle, Michael
通讯作者：
Hoehle, Michael
影响因子：
3.7
作者：
Vega VB;Ruan Y;Liu J;Lee WH;Wei CL;Se-Thoe SY;Tang KF;Zhang T;Kolatkar PR;Ooi EE;Ling AE;Stanton LW;Long PM;Liu ET
通讯作者：
Liu ET
影响因子：
5.8
作者：
Jombart, Thibaut;Ahmed, Ismail
通讯作者：
Ahmed, Ismail
影响因子：
5.8
作者：
Paradis, Emmanuel
通讯作者：
Paradis, Emmanuel