Identification and validation of a five-lncRNA signature for predicting survival with targeted drug candidates in ovarian cancer.
Identification and validation of a five-lncRNA signature for predicting survival with targeted drug candidates in ovarian cancer.
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鉴定和验证五长链非编码RNA特征，用于预测卵巢癌候选靶向药物的生存率
DOI：
10.1080/21655979.2021.1946632
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发表时间：
2021-12
期刊：
影响因子：
4.9
通讯作者：
Zhou X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lin N;Lin JZ;Tanaka Y;Sun P;Zhou X
摘要 长链非编码 RNA (lncRNA) 的失调在卵巢癌 (OC) 中发挥着至关重要的作用。在本研究中，我们基于TCGA和GTEx RNA-seq数据库，利用Kaplan-Meier分析和单变量Cox、LASSO和多变量Cox筛选出OC和正常卵巢之间5种差异表达的lncRNA（AC092718.4、AC138035.1、BMPR1B-DT、RNF157-AS1和TPT1-AS1） 回归。然后，构建风险特征，通过ROC曲线确认1年、3年、5年生存预测的准确性，并提供在线生存计算器以方便临床使用。随着lncRNA-microRNA-mRNA调控网络的建立，进行了基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析，表明多种癌症相关功能和途径的参与。最后，通过Connectivity Map预测了5种候选小分子药物（硫利达嗪、三氟拉嗪、洛哌丁胺、LY294002和嘌呤霉素）。总之，我们通过其 ceRNA 网络确定了具有预后价值的 5-lncRNA 特征，以及五种针对 OC 的候选药物。
ABSTRACT The dysregulation of long non-coding RNAs (lncRNAs) plays a crucial role in ovarian cancer (OC). In this study, we screened out five differentially expressed lncRNAs (AC092718.4, AC138035.1, BMPR1B-DT, RNF157-AS1, and TPT1-AS1) between OC and normal ovarian based on TCGA and GTEx RNA-seq databases by using Kaplan–Meier analysis and univariate Cox, LASSO, and multivariate Cox regression. Then, a risk signature was constructed, with 1, 3, 5-year survival prediction accuracy confirmed by ROC curves, and an online survival calculator for easier clinical use. With lncRNA-microRNA-mRNA regulatory networks established, Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) analyses were performed, suggesting the involvement of a variety of cancer-related functions and pathways. Finally, five candidate small-molecule drugs (thioridazine, trifluoperazine, loperamide, LY294002, and puromycin) were predicted by Connectivity Map. In conclusion, we identified a 5-lncRNA signature of prognostic value with its ceRNA networks, and five candidate drugs against OC.
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DOI：
10.1038/nrc.2017.99
发表时间：
2018-01
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
Anastasiadou E;Jacob LS;Slack FJ
通讯作者：
Slack FJ
洛哌丁胺是一种止泻药，通过诱导细胞凋亡而具有抗肿瘤活性。
影响因子：
9.3
作者：
Gong, Xing Wen;Xu, Yu Hong;Wang, Yong Xiang
通讯作者：
Wang, Yong Xiang
影响因子：
--
作者：
Park MS;Dong SM;Kim BR;Seo SH;Kang S;Lee EJ;Lee SH;Rho SB
通讯作者：
Rho SB
影响因子：
4.7
作者：
PEREZ, RP;HANDEL, LM;HAMILTON, TC
通讯作者：
HAMILTON, TC
DOI：
10.1038/nrd4140
发表时间：
2013-11
期刊：
Nature reviews. Drug discovery
影响因子：
--
作者：
Ling H;Fabbri M;Calin GA
通讯作者：
Calin GA