A tetrasomic inheritance model and likelihood-based method for mapping quantitative trait loci in autotetraploid species.
A tetrasomic inheritance model and likelihood-based method for mapping quantitative trait loci in autotetraploid species.
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一种四体遗传模型和基于可能性的方法，用于绘制自动二倍体物种中的定量性状基因座。
DOI：
10.1111/nph.16413
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发表时间：
2021-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Luo Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen J;Leach L;Yang J;Zhang F;Tao Q;Dang Z;Chen Y;Luo Z
剖析同源四倍体物种数量性状的遗传结构是一项具有挑战性的任务，但对于育种全球重要的粮食作物，包括马铃薯和蓝莓，以及观赏物种，如玫瑰，是一个至关重要的目标。数量性状基因座（QTL）定位现在是二倍体物种的常规做法，但在同源四倍体中远没有那么先进，这主要是由于缺乏分析方法来解释四体遗传的复杂性。我们提出了一种新的基于似然性的方法，用于同源四倍体物种远交分离群体的QTL定位。该方法正确地解释了同源四倍体减数分裂中基因分离和重组的复杂特征。它可以模拟和分析具有或不具有等位基因剂量信息的分子标记数据，例如来自微阵列或测序实验的数据。所开发的方法优于现有的基于二价的方法，其可能无法建模和分析实验数据的全谱，QTL检测的统计能力和QTL定位的准确性，如通过对从马铃薯（Solanum tuberosum）分离群体收集的数据集的深入模拟研究和分析所证明的。这项研究使QTL定位分析进行同源四倍体物种下严格的四体遗传模型。
Dissecting the genetic architecture of quantitative traits in autotetraploid species is a methodologically challenging task, but a pivotally important goal for breeding globally important food crops, including potato and blueberry, and ornamental species such as rose. Mapping quantitative trait loci (QTLs) is now a routine practice in diploid species but is far less advanced in autotetraploids, largely due to a lack of analytical methods that account for the complexities of tetrasomic inheritance. We present a novel likelihood‐based method for QTL mapping in outbred segregating populations of autotetraploid species. The method accounts properly for sophisticated features of gene segregation and recombination in an autotetraploid meiosis. It may model and analyse molecular marker data with or without allele dosage information, such as that from microarray or sequencing experiments. The method developed outperforms existing bivalent‐based methods, which may fail to model and analyse the full spectrum of experimental data, in the statistical power of QTL detection, and accuracy of QTL location, as demonstrated by an intensive simulation study and analysis of data sets collected from a segregating population of potato (Solanum tuberosum). The study enables QTL mapping analysis to be conducted in autotetraploid species under a rigorous tetrasomic inheritance model.
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使用隐马尔可夫链模型进行多位点四体连锁分析
DOI：
10.1073/pnas.0908477107
发表时间：
2010-03-02
影响因子：
11.1
作者：
Leach, Lindsey J.;Wang, Lin;Luo, Zewei
通讯作者：
Luo, Zewei
影响因子：
5.4
作者：
Hackett, Christine A.;Bradshaw, John E.;Bryan, Glenn J.
通讯作者：
Bryan, Glenn J.
影响因子：
1.5
作者：
Mather, K
通讯作者：
Mather, K
影响因子：
1.5
作者：
Haldane, JBS
通讯作者：
Haldane, JBS
影响因子：
3.3
作者：
Cao, DC;Craig, BA;Doerge, RW
通讯作者：
Doerge, RW