Using Compiler Directives for Performance Portability in Scientific Computing: Kernels from Molecular Simulation
Using Compiler Directives for Performance Portability in Scientific Computing: Kernels from Molecular Simulation
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使用编译器指令实现科学计算中的性能可移植性：来自分子模拟的内核
DOI：
10.1007/978-3-030-12274-4_2
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发表时间：
2018
影响因子：
4.1
通讯作者：
Arnold N. Tharrington
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
A. Sedova;A. F. Tillack;Arnold N. Tharrington
由于新兴超级计算机体系结构的巨大差异，实现科学领域高性能计算（HPC）应用程序的性能可移植性已成为越来越重要的举措。在这里，我们测试了一些来自分子动力学（MD）的关键内核，以确定将基于OpenACC指令的编程模型应用于这些内核时，是否可以使这些类型的程序在HPC设置中获得可接受范围内的性能。我们发现，对于易于并行化的内核，GPU上的性能保持在这个范围内。在CPU上，当使用AMD Opteron“Interlagos”处理器时，openacc并行的两两距离内核将无法满足所需的性能标准，但使用IBM Power 9处理器时，对于小批量处理，性能仍在可接受的范围内。这些内核提供了一种测试，用于通过编译器指令实现性能可移植性，以解决科学应用程序中经常出现的内存密集型组件的问题。
Achieving performance portability for high-performance computing (HPC) applications in scientific fields has become an increasingly important initiative due to large differences in emerging supercomputer architectures. Here we test some key kernels from molecular dynamics (MD) to determine whether the use of the OpenACC directive-based programming model when applied to these kernels can result in performance within an acceptable range for these types of programs in the HPC setting. We find that for easily parallelizable kernels, performance on the GPU remains within this range. On the CPU, OpenACC-parallelized pairwise distance kernels would not meet the performance standards required, when using AMD Opteron “Interlagos” processors, but with IBM Power 9 processors, performance remains within an acceptable range for small batch sizes. These kernels provide a test for achieving performance portability with compiler directives for problems with memory-intensive components as are often found in scientific applications.
在现代多核系统上实现热传导求解器小型应用的性能可移植性
DOI：
10.1109/cluster.2017.122
发表时间：
2017
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
Kirk R
通讯作者：
Kirk R
DOI：
10.1007/978-3-319-09873-9_68
发表时间：
2014-08
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
Sandra Wienke;C. Terboven;James C. Beyer;Matthias S. Müller
通讯作者：
Sandra Wienke;C. Terboven;James C. Beyer;Matthias S. Müller