Potential biomarkers of childhood brain tumor identified by proteomics of cerebrospinal fluid from extraventricular drainage (EVD).
Potential biomarkers of childhood brain tumor identified by proteomics of cerebrospinal fluid from extraventricular drainage (EVD).
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DOI：
10.1038/s41598-020-80647-w
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发表时间：
2021-01-19
影响因子：
4.6
通讯作者：
Candiano G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bruschi M;Petretto A;Cama A;Pavanello M;Bartolucci M;Morana G;Ramenghi LA;Garré ML;Ghiggeri GM;Panfoli I;Candiano G
脑肿瘤是儿童时期最常见的实体瘤。需要残留疾病、治疗反应和复发的生物标志物。脑脊液（CSF）是脑肿瘤生物标志物的来源。我们分析了 29 名患有不同脑肿瘤的儿童和 17 名因无关原因需要插入 EVD 的对照组的脑室外引流 (EVD) 中废弃脑脊液的蛋白质组。通过液相色谱-串联质谱蛋白质组学在脑脊液对照和脑肿瘤患者中分别鉴定了 1598 和 1526 个蛋白质，其中 263 和 191 个蛋白质不属于任何一种情况。生物信息分析揭示了有希望区分对照和肿瘤的蛋白质生物标志物（TATA 结合蛋白相关因子 15 和 S100 蛋白 B）。此外，胸腺素 beta-4 (TMSB4X) 和 CD109、14.3.3 和 HSP90 α 可以区分其他脑肿瘤和低级别胶质瘤以及糖神经元肿瘤/毛细胞星形细胞瘤或胚胎肿瘤/髓母细胞瘤。通过 ELISA 测定验证生物标志物。我们的方法能够区分脑肿瘤与非肿瘤/出血性疾病（对照），并区分两大类脑肿瘤。进一步的前瞻性研究可能会评估我们的发现方法提出的生物标志物是否可以在其他体液中识别，因此侵入性较小，并且有助于指导治疗和预测复发。
Brain tumors are the most common solid tumors in childhood. There is the need for biomarkers of residual disease, therapy response and recurrence. Cerebrospinal fluid (CSF) is a source of brain tumor biomarkers. We analyzed the proteome of waste CSF from extraventricular drainage (EVD) from 29 children bearing different brain tumors and 17 controls needing EVD insertion for unrelated causes. 1598 and 1526 proteins were identified by liquid chromatography-coupled tandem mass spectrometry proteomics in CSF control and brain tumor patients, respectively, 263 and 191 proteins being exclusive of either condition. Bioinformatic analysis revealed promising protein biomarkers for the discrimination between control and tumor (TATA-binding protein-associated factor 15 and S100 protein B). Moreover, Thymosin beta-4 (TMSB4X) and CD109, and 14.3.3 and HSP90 alpha could discriminate among other brain tumors and low-grade gliomas plus glyoneuronal tumors/pilocytic astrocytoma, or embryonal tumors/medulloblastoma. Biomarkers were validated by ELISA assay. Our method was able to distinguish among brain tumor vs non-tumor/hemorrhagic conditions (controls) and to differentiate two large classes of brain tumors. Further prospective studies may assess whether the biomarkers proposed by our discovery approach can be identified in other bodily fluids, therefore less invasively, and are useful to guide therapy and predict recurrences.
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DOI：
10.1074/mcp.m114.041012
发表时间：
2015-01
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Keilhauer EC;Hein MY;Mann M
通讯作者：
Mann M
影响因子：
3.1
作者：
Kahlmann, V.;Roodbol, J.;Jacobs, B. C.
通讯作者：
Jacobs, B. C.
DOI：
10.1007/978-1-4939-9706-0_2
发表时间：
2019-01-01
期刊：
CEREBROSPINAL FLUID (CSF) PROTEOMICS: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Hok-A-Hin, Yanaika S.;Willemse, Eline A. J.;Del Campo, Marta
通讯作者：
Del Campo, Marta
影响因子：
3.9
作者：
Holla, F. K.;Postma, T. J.;Heimans, J. J.
通讯作者：
Heimans, J. J.
影响因子：
1.4
作者：
Gomes, Helio Rodrigues
通讯作者：
Gomes, Helio Rodrigues