Identification of putative lignin biosynthesis genes in Betula pendula
Identification of putative lignin biosynthesis genes in Betula pendula
复制标题
垂枝桦木素生物合成基因的鉴定
DOI：
10.1007/s00468-020-01995-8
复制
发表时间：
2020-06-05
影响因子：
2.3
通讯作者：
Chen，Su
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen，Song;Zhao，Yuming;Chen，Su
结合系统发育分析和组织特异性表达数据，我们在桦树基因组中鉴定了15个编码苯丙烷类化合物生物合成酶的基因。木质素是最丰富的陆地生物聚合物之一，是植物结构和防御所必需的。木质素形成的一个重要步骤是类苯丙烷的合成，我们在垂穗桦基因组中鉴定了10个蛋白质家族的120个基因模型，编码类苯丙烷生物合成的酶。利用RNA-seq技术测定了木质部、根、叶和花组织中所有120个基因的转录丰度。我们鉴定了15个基因，它们可能编码木材形成过程中的苯丙烷类生物合成酶。与毛果杨木素基因相比，这些基因中有10个在进化上是保守的。
We identified 15 genes encoding enzymes for phenylpropanoid biosynthesis in the genome of birch by combining phylogenetic analysis and tissue-specific expression data. Lignin is one of the most abundant terrestrial biopolymers and is essential for plant structure and defense. An essential step in lignin formation is phenylpropanoid synthesis, we identified 120 gene models in 10 protein families encoding enzymes for phenylpropanoid biosynthesis in the genome of Betula pendula. The transcript abundance was determined for all 120 genes in xylem, root, leaf, and flower tissues using RNA-seq technology. We identified 15 genes that likely encode phenylpropanoid biosynthesis enzymes during wood formation. Ten of these genes are evolutionarily conserved compared to the lignin genes in Populus trichocarpa.