Extraction of bacterial RNA from soil: challenges and solutions.
Extraction of bacterial RNA from soil: challenges and solutions.
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DOI：
10.1264/jsme2.me11304
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发表时间：
2012
影响因子：
2.2
通讯作者：
Fujii T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang Y;Hayatsu M;Fujii T
对土壤中细菌基因表达的检测出现在20世纪90年代初，它提供了关于细菌在其原始土壤环境中的反应的信息。作为检测过程中的关键环节，从土壤中提取细菌RNA引起了人们的极大兴趣，在过去的20年里，人们报道了许多土壤RNA的提取方法。除了基于RT-PCR的各种技术外，基因表达分析的新技术，如微阵列和高通量测序技术，最近也被应用于检测土壤中细菌的基因表达。这些技术正在推动RNA提取协议的改进。在这篇简短的综述中，总结了从土壤中提取细菌RNA的进展，并强调了方法学发展中的主要困难和克服这些困难的相应策略。
Detection of bacterial gene expression in soil emerged in the early 1990s and provided information on bacterial responses in their original soil environments. As a key procedure in the detection, extraction of bacterial RNA from soil has attracted much interest, and many methods of soil RNA extraction have been reported in the past 20 years. In addition to various RT-PCR-based technologies, new technologies for gene expression analysis, such as microarrays and high-throughput sequencing technologies, have recently been applied to examine bacterial gene expression in soil. These technologies are driving improvements in RNA extraction protocols. In this mini-review, progress in the extraction of bacterial RNA from soil is summarized with emphasis on the major difficulties in the development of methodologies and corresponding strategies to overcome them.
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DOI：
10.1007/978-1-61779-089-8_7
发表时间：
2011-01-01
期刊：
HIGH-THROUGHPUT NEXT GENERATION SEQUENCING: METHODS AND APPLICATION
影响因子：
--
作者：
Chen, Zhoutao;Duan, Xiaoping
通讯作者：
Duan, Xiaoping
影响因子：
14.9
作者：
Baugh, L. R.;Hill, A. A.;Hunter, Craig P.
通讯作者：
Hunter, Craig P.
影响因子：
4.4
作者：
Bürgmann, H;Widmer, F;Zeyer, J
通讯作者：
Zeyer, J
影响因子：
3.5
作者：
Biondi, Elisa;Branciamore, Sergio;Gallori, Enzo
通讯作者：
Gallori, Enzo
影响因子：
2
作者：
Carneiro, Cristine E. A.;Berndt, Graciele;Zaia, Dimas A. M.
通讯作者：
Zaia, Dimas A. M.