Efficiency of Stratification for Ensemble Docking Using Reduced Ensembles.
Efficiency of Stratification for Ensemble Docking Using Reduced Ensembles.
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DOI：
10.1021/acs.jcim.8b00314
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发表时间：
2018-09-24
影响因子：
5.6
通讯作者：
Minh DDL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xie B;Clark JD;Minh DDL
分子对接可以通过结合多个刚性受体构象的对接分数（例如分子动力学模拟的快照）来解释受体的灵活性。在这里，我们使用分层抽样的质量指标（分层效率）来评估一些常见的快照选择策略，该指标将选择策略的方差与简单随机抽样进行比较。我们还将该度量扩展到指数平均值（涉及指数变换、平均和逆变换）和最小值的估计量。对于超过 500 个配体与四种不同灵活性的蛋白质的对接组，我们观察到，为了估计整体平均值和指数平均值，许多聚类算法具有相似的性能趋势：对于少量快照（少于 25 个），中心点是最有效的，而对于较大数量的情况，最佳（最小化方差的分配）和比例（每个簇的大小）分配变得更有效。比例分配似乎是估算最小值的最有效的方法。
Molecular docking can account for receptor flexibility by combining the docking score over multiple rigid receptor conformations, such as snapshots from a molecular dynamics simulation. Here, we evaluate a number of common snapshot selection strategies using a quality metric from stratified sampling, the efficiency of stratification, which compares the variance of a selection strategy to simple random sampling. We also extend the metric to estimators of exponential averages (which involve an exponential transformation, averaging, and inverse transformation) and minima. For docking sets of over five hundred ligands to four different proteins of varying flexibility, we observe that for estimating ensemble averages and exponential averages, many clustering algorithms have similar performance trends: for few snapshots (less than 25), medoids are the most efficient while for a larger number, optimal (the allocation that minimizes the variance) and proportional (to the size of each cluster) allocation become more efficient. Proportional allocation appears to be the most consistently efficient for estimating minima.
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影响因子：
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通讯作者：
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发表时间：
1991-01-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
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--
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