Working the kinks out of nucleosomal DNA.
Working the kinks out of nucleosomal DNA.
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DOI：
10.1016/j.sbi.2011.03.006
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发表时间：
2011-06
影响因子：
6.8
通讯作者：
Zhurkin VB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Olson WK;Zhurkin VB
核小体中DNA的凝聚利用了它的双螺旋结构。DNA在碱基对面对组蛋白八聚体的地方变形。最大的所谓扭结和滑动变形发生在精氨酸穿透小槽的附近。601定位序列形成的核小体结构与含有富含at的人类α-卫星DNA的核小体结构略有不同。组蛋白精氨酸对碱基对位移的限制可以调节DNA的序列依赖性变形能力，并可能导致不同核小体的独特特征。在核小体中发现的模拟约束的空间屏障诱导典型B-DNA的模拟大规模重排到扭结和滑动状态。这些状态的路径显示出与AFM测量推断的弯曲轮廓一致的非谐波行为。
Condensation of DNA in the nucleosome takes advantage of its double-helical architecture. The DNA deforms at sites where the base pairs face the histone octamer. The largest so-called kink-and-slide deformations occur in the vicinity of arginines that penetrate the minor groove. Nucleosome structures formed from the 601 positioning sequence differ subtly from those incorporating an AT-rich human α-satellite DNA. Restraints imposed by the histone arginines on the displacement of base pairs can modulate the sequence-dependent deformability of DNA and potentially contribute to the unique features of the different nucleosomes. Steric barriers mimicking constraints found in the nucleosome induce the simulated large-scale rearrangement of canonical B-DNA to kink-and-slide states. The pathway to these states shows non-harmonic behavior consistent with bending profiles inferred from AFM measurements.
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