Analysis of EBV Transcription Using High-Throughput RNA Sequencing.
Analysis of EBV Transcription Using High-Throughput RNA Sequencing.
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使用高通量 RNA 测序分析 EBV 转录。
DOI：
10.1007/978-1-4939-6655-4_7
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Flemington,ErikK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
O'Grady,Tina;Baddoo,Melody;Flemington,ErikK
高通量的RNA测序用于分析病毒和细胞的转录本，提供有关转录本结构和丰度的信息。已经创建了一系列广泛的程序和管道来管理和解释高通量RNA测序实验产生的大量数据。该协议详细说明了使用免费和开源程序将RNA-Seq阅读与参考基因组进行比对，可视化阅读覆盖和剪接连接，估计转录本丰度，并评估不同条件下转录本的差异表达。解决了与EBV和病毒转录相关的特别问题，并提供了对EBV参考文件的访问。
High-throughput sequencing of RNA is used to analyze the transcriptomes of viruses and cells, providing information about transcript structure and abundance. A wide array of programs and pipelines has been created to manage and interpret the abundance of data generated from high-throughput RNA sequencing experiments. This protocol details the use of free and open-source programs to align RNA-Seq reads to a reference genome, visualize read coverage and splice junctions, estimate transcript abundance, and evaluate differential expression of transcripts in different conditions. Particular concerns related to EBV and viral transcriptomics are addressed and access to EBV reference files is provided.
DOI：
10.1007/978-1-60761-944-4_10
发表时间：
2011-01-01
期刊：
PCR PROTOCOLS, THIRD EDITION
影响因子：
--
作者：
Kurosawa, Junpei;Nishiyori, Hiromi;Hayashizaki, Yoshihide
通讯作者：
Hayashizaki, Yoshihide
影响因子：
6.7
作者：
Arias C;Weisburd B;Stern-Ginossar N;Mercier A;Madrid AS;Bellare P;Holdorf M;Weissman JS;Ganem D
通讯作者：
Ganem D