Sequence specificity for the initiation of RNA-primed simian virus 40 DNA synthesis in vivo.
Sequence specificity for the initiation of RNA-primed simian virus 40 DNA synthesis in vivo.
复制标题
RNA 引发的猿猴病毒 40 DNA 体内合成起始的序列特异性。
DOI：
10.1016/0022-2836(84)90471-6
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发表时间：
1984
影响因子：
5.6
通讯作者：
DePamphilis,ML
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hay,RT;Hendrickson,EA;DePamphilis,ML
对RNA引发的新生DNA链（冈崎片段）5 '末端的核苷酸序列及其在复制猿猴病毒40（SV 40）DNA中的位置的分析揭示了冈崎片段在体内起始位点的精确性质。哺乳动物DNA引物的起始位点为3′-嘌呤-dT-5′，第二位点为3′-嘌呤-dC-5′，引物的5′端与dT或dC互补。起始位点的第三个位置是可变的，优先选择dT或dA。大约81%的可用3 '-嘌呤-dT-5'位点和20%的3 '-嘌呤-dC-5'位点被使用。富含嘌呤的位点如PuPuPu和PyPuPu被排除在外。冈崎片段的5′-末端核苷酸组成证实了这些结论。此外，单个RNA引物的长度不是唯一的，而是在6至10个碱基的大小上变化，其中一些短至3个碱基，一些长至12个碱基，这取决于所使用的起始位点。该结果与从基因组的特定区域分离的RNA引物的平均大小（9至11个碱基）一致。RNA引物的切除似乎并没有停止在RNA-DNA连接处，而是从新生DNA链的5′端去除了可变数量的脱氧核糖核苷酸。最后，只有四分之一的复制叉含有冈崎片段，其起始位点在两臂之间的分布表明冈崎片段完全（99%）在逆行DNA模板上启动。在距离ori约350和1780个碱基的两个基因组位点处获得的数据基本上与理论区报道的数据相同（DePamaret al.，1980年DePamelo等人，1983年Hay和DePamarak，1982年Hay和DePamarak，1982年），这表明用于合成第一条DNA链的机制与用于合成整个基因组中的Okazaki片段的机制相同。
Analysis of the nucleotide sequences at the 5′ ends of RNA-primed nascent DNA chains (Okazaki fragments) and of their locations in replicating simian virus 40 (SV40) DNA revealed the precise nature of Okazaki fragment initiation sitesin vivo. The primary initiation site for mammalian DNA primase was 3′-purine-dT-5′ in the DNA template and the secondary site was 3′-purine-dC-5′, with the 5′ end of the RNA primer complementary to either the dT or dC. The third position of the initiation site was variable with a preference for dT or dA. About 81% of the available 3′-purine-dT-5′ sites and 20% of the 3′-purine-dC-5′ sites were used. Purine-rich sites, such as PuPuPu and PyPuPu, were excluded. The 5′-terminal ribonucleotide composition of Okazaki fragments corroborated these conclusions. Furthermore, the length of individual RNA primers was not unique, but varied in size from six to ten bases with some appearing as short as three bases and some as long as 12 bases, depending on the initiation site used. This result was consistent with the average size (9 to 11 bases) of RNA primers isolated from specific regions of the genome. Excision of RNA primers did not appear to stop at the RNA-DNA junction, but removed a variable number of deoxyribonucleotides from the 5′ end of the nascent DNA chain. Finally, only one-fourth of the replication forks contained an Okazaki fragment, and the distribution of their initiation sites between the two arms revealed that Okazaki fragments were initiated exclusively (99%) on retrograde DNA templates. The data obtained at two genomic sites about 350 and 1780 bases fromoriwere essentially the same as that reported for theoriregion (DePamphilis et al., 1980DePamphilis et al., 1983Hay and DePamphilis, 1982Hay & DePamphilis, 1982), suggesting that the mechanism used to synthesize the first DNA chain atoriis the same as that used to synthesize Okazaki fragments throughout the genome.
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