Nucleic acid sequence-based amplification in formalin-fixed and paraffin-embedded breast-cancer tissues
Nucleic acid sequence-based amplification in formalin-fixed and paraffin-embedded breast-cancer tissues
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福尔马林固定和石蜡包埋的乳腺癌组织中基于核酸序列的扩增
DOI：
10.1136/jcp.2010.078766
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发表时间：
2010
影响因子：
3.4
通讯作者：
Stickeler E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Riehle U;Mader A;Brandstetter T;Rühe J;zur Hausen A.;Stickeler E.
目的评价核酸序列扩增（NASBA）技术对福尔马林固定和石蜡包埋（FFPE）乳腺癌组织mRNA的扩增效果。方法从存档的10年FFPE组织中提取srna，选择核糖体蛋白S18 （RPS18）、表皮生长因子受体2 （HER2）、雌激素受体α (ERα)、Y盒结合蛋白（YBX-1）、基质金属肽酶11 （MMP11）、caspase 8 （CASP8）和超氧化物歧化酶2 （SOD2）基因，采用NASBA扩增。结果尽管模板有强烈的降解，但所有测试基因的RNA扩增产生了强烈的杂交信号。敏感性试验表明，RPS18 NASBA法比实时RT-PCR法更敏感。HER2、ERα、MMP11、YBX1、CASP8和SOD2 NASBA检测的敏感性与针对各自基因的RT-PCR相当。结论NASBA具有较高的特异性和敏感性，适用于FFPE组织中强烈降解的RNA的扩增，可以补充现有的扩增技术，如RT-PCR，用于此类组织的分析。
AimTo evaluate the nucleic acid sequence-based amplification (NASBA) technique to amplify mRNA isolated from formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) breast-cancer tissues.MethodsRNA was extracted from archived, 10-year-old FFPE tissues, and selected genes, namely ribosomal protein S18 (RPS18), epidermal growth factor receptor 2 (HER2), estrogen receptor alpha (ERα), Y box binding protein (YBX-1), matrix metallopeptidase 11 (MMP11), caspase 8 (CASP8) and superoxide dismutase 2 (SOD2), were amplified by NASBA.ResultsDespite strong degradation of the template, RNA amplification of all tested genes resulted in strong hybridisation signals. Sensitivity tests showed that the RPS18 NASBA assay was more sensitive than real-time RT-PCR used as a reference method. The sensitivity of the HER2, ERα, MMP11, YBX1, CASP8 and SOD2 NASBA assay was comparable with RT-PCR targeted to the respective genes.ConclusionsThe results obtained indicate that NASBA is suitable to amplify with high specificity and sensitivity, even strongly degraded RNA isolated from FFPE tissues, and therefore can complement already-existing amplification techniques such as RT-PCR for analysis of such tissues.
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影响因子：
8.4
作者：
Basaki, Yuji;Taguchi, Ken-ichi;Kuwano, Michihiko
通讯作者：
Kuwano, Michihiko
用于微阵列应用的NASBA扩增的TMRNA分子的荧光标记。
影响因子：
3.5
作者：
Scheler O;Glynn B;Parkel S;Palta P;Toome K;Kaplinski L;Remm M;Maher M;Kurg A
通讯作者：
Kurg A
影响因子：
4.1
作者：
Godfrey, TE;Kim, SH;Jensen, RH
通讯作者：
Jensen, RH
影响因子：
8.8
作者：
Burchill, S A;Perebolte, L;Johnston, C;Top, B;Selby, P
通讯作者：
Selby, P
影响因子：
2.2
作者：
Loens, K.;Beck, T.;Leven, M.
通讯作者：
Leven, M.