Nuclear oligo hashing improves differential analysis of single-cell RNA-seq.
Nuclear oligo hashing improves differential analysis of single-cell RNA-seq.
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核寡磷脂改善了单细胞RNA-seq的差分分析。
DOI：
10.1038/s41467-022-30309-4
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发表时间：
2022-05-13
影响因子：
16.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
单细胞RNA测序(scRNA-seq)提供了复杂组织的高分辨率分子视图，但存在高水平的技术噪声，这阻碍了比较不同细胞类型的基因表达程序的努力。“尖峰”RNA标准有助于控制scRNA-seq中的技术变异，但将其与最近开发的、基于组合索引的超可扩展scRNA-seq方法一起使用是不可行的。在这里，我们描述了一种简单且经济有效的方法，用于标准化转录本计数和减去技术可变性，该方法改进了scRNA-seq中的差异表达分析。该方法将合成单链DNA寡核苷酸的梯子固定在出现在其RNA-Seq文库中的每个细胞上。通过改进的正常化，我们探索了对基因调节具有广泛或高度特异性影响的化学扰动，包括RNA PolII延长、组蛋白去乙酰化和糖皮质激素受体的激活。我们的方法显示，抑制组蛋白去乙酰化可阻止细胞执行糖皮质激素刺激后的典型改变程序。在当前的单细胞RNA-SEQ平台上使用尖峰控制仍然是一个挑战。在这里，作者使用一种短的、未修饰的DNA寡核苷酸的混合物作为SCI-RNAseq的标准化标准，以改进对全球转录组变化的检测。
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) offers a high-resolution molecular view into complex tissues, but suffers from high levels of technical noise which frustrates efforts to compare the gene expression programs of different cell types. “Spike-in” RNA standards help control for technical variation in scRNA-seq, but using them with recently developed, ultra-scalable scRNA-seq methods based on combinatorial indexing is not feasible. Here, we describe a simple and cost-effective method for normalizing transcript counts and subtracting technical variability that improves differential expression analysis in scRNA-seq. The method affixes a ladder of synthetic single-stranded DNA oligos to each cell that appears in its RNA-seq library. With improved normalization we explore chemical perturbations with broad or highly specific effects on gene regulation, including RNA pol II elongation, histone deacetylation, and activation of the glucocorticoid receptor. Our methods reveal that inhibiting histone deacetylation prevents cells from executing their canonical program of changes following glucocorticoid stimulation. Using spike-in controls with current single cell RNA-seq platforms remains a challenge. Here, the authors use a mixture of short, unmodified DNA oligos as a normalization standard for sci-RNAseq to improve the detection of global transcriptome changes.
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影响因子：
4.3
作者：
Athanasiadou, Rodoniki;Neymotin, Benjamin;Tranchina, Daniel
通讯作者：
Tranchina, Daniel
影响因子：
64.8
作者：
Cao, Junyue;Spielmann, Malte;Shendure, Jay
通讯作者：
Shendure, Jay
影响因子：
3.3
作者：
Kim, YB;Ki, SW;Horinouchi, S
通讯作者：
Horinouchi, S
表征单细胞RNA-seq中的噪声结构可将真实性与技术随机等位基因表达区分开。
影响因子：
16.6
作者：
Kim JK;Kolodziejczyk AA;Ilicic T;Teichmann SA;Marioni JC
通讯作者：
Marioni JC
DOI：
10.1088/1742-5468/2008/10/p10008
发表时间：
2008-10-01
影响因子：
2.4
作者：
Blondel, Vincent D.;Guillaume, Jean-Loup;Lefebvre, Etienne
通讯作者：
Lefebvre, Etienne