Temperature-Induced Replacement of Phosphate Proton with Metal Ion Captured in Neutron Structures of A-DNA.
Temperature-Induced Replacement of Phosphate Proton with Metal Ion Captured in Neutron Structures of A-DNA.
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温度诱导磷酸质子被 A-DNA 中子结构中捕获的金属离子取代。
DOI：
10.1016/j.str.2018.08.001
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kovalevsky,Andrey
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vandavasi,VenuGopal;Blakeley,MatthewP;Keen,DavidA;Hu,LillianR;Huang,Zhen;Kovalevsky,Andrey
核酸可以折叠成定义明确的3D结构，有助于确定其功能。了解精确的核酸结构也可以用于设计基于核酸的治疗剂。然而，作为核酸功能关键参与者的氢原子的位置通常不能用X射线晶体学确定。氢原子位置的精确测定可以提供有关核酸中质子化状态、氢键和水结构的不可或缺的信息。本文利用中子晶体学结合X射线衍射技术，在室温和低温下，对Cyt 5（CSe）上含有2′-SeCH 3修饰的自互补A-DNA寡核苷酸d[GTGG（CSe）CAC] 2在pH 5.6下的X射线/中子结构进行了研究。我们直接观察到质子化的骨架磷酸氧的Ade 7在室温下。质子被替换为水合Mg 2+冷却后的晶体至100 K，表明金属结合是有利的，在低温下，而质子结合是占主导地位的在室温下。
Nucleic acids can fold into well-defined 3D structures that help determine their function. Knowing precise nucleic acid structures can also be used for the design of nucleic acid-based therapeutics. However, locations of hydrogen atoms, which are key players of nucleic acid function, are normally not determined with X-ray crystallography. Accurate determination of hydrogen atom positions can provide indispensable information on protonation states, hydrogen bonding, and water architecture in nucleic acids. Here, we used neutron crystallography in combination with X-ray diffraction to obtain joint X-ray/neutron structures at both room and cryo temperatures of a self-complementary A-DNA oligonucleotide d[GTGG(CSe)CAC]2containing 2′-SeCH3modification on Cyt5 (CSe) at pH 5.6. We directly observed protonation of a backbone phosphate oxygen of Ade7 at room temperature. The proton is replaced with hydrated Mg2+upon cooling the crystal to 100 K, indicating that metal binding is favored at low temperature, whereas proton binding is dominant at room temperature.
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DOI：
10.1016/b978-0-08-097774-4.00317-x
发表时间：
2013-08
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
R. Sigel;H. Sigel
通讯作者：
R. Sigel;H. Sigel
A-、B- 和 Z-DNA 的解剖结构。
影响因子：
56.9
作者：
R. Dickerson;H. Drew;B. N. Conner;R. M. Wing;A. Fratini;M. Kopka
通讯作者：
M. Kopka
双链 RNA 中的 pKa 变化高度依赖于最近邻居和凸出位置。
影响因子：
2.9
作者：
Jennifer L. Wilcox;P. Bevilacqua
通讯作者：
P. Bevilacqua
环丙基吡咯并吲哚的酸依赖性亲电性。
DOI：
--
发表时间：
1994
期刊：
影响因子：
--
作者：
M. Warpehoski;D. Harper
通讯作者：
D. Harper
影响因子：
3.6
作者：
Boger, DL;Han, NH;Kitos, PA
通讯作者：
Kitos, PA