Digital transcriptome profiling using selective hexamer priming for cDNA synthesis
Digital transcriptome profiling using selective hexamer priming for cDNA synthesis
复制标题
DOI：
10.1038/nmeth.1360
复制
发表时间：
2009-09-01
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Raymond, Christopher K.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Armour, Christopher D.;Castle, John C.;Raymond, Christopher K.
我们开发了一种程序，用于制备整个转录组cDNA文库，仅从总RNA的1 MU g中耗尽了核糖体RNA。该方法依赖于称为“不那么随意的”（NSR）引物的简短，计算选择的寡核苷酸的集合，以获得非透射体RNA转录本的全长，特定于链特异性表示。在这项研究中，我们通过使用超高通量测序对人类的全脑和普遍人参考RNA进行分析来验证该技术。
We developed a procedure for the preparation of whole transcriptome cDNA libraries depleted of ribosomal RNA from only 1 mu g of total RNA. The method relies on a collection of short, computationally selected oligonucleotides, called 'not-so-random' (NSR) primers, to obtain full-length, strand-specific representation of nonribosomal RNA transcripts. In this study we validated the technique by profiling human whole brain and universal human reference RNA using ultra-high-throughput sequencing.