The genomic HDV ribozyme utilizes a previously unnoticed U-turn motif to accomplish fast site-specific catalysis.
The genomic HDV ribozyme utilizes a previously unnoticed U-turn motif to accomplish fast site-specific catalysis.
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基因组HDV核酶利用先前未忽略的掉头基序来完成快速位点特异性催化。
DOI：
10.1093/nar/gkl1104
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发表时间：
2007
影响因子：
14.9
通讯作者：
Walter, Nils G.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sefcikova, Jana;Krasovska, Maryna V.;Sponer, Jiri;Walter, Nils G.
人类丁型肝炎病毒（HDV）基因组含有一个自切割催化RNA基序，即基因组HDV核酶，其晶体结构显示切割位点的5′端悬空核苷酸从催化核心突出。这个5′序列包含一个临床上保守的U − 1，我们发现它对快速切割是必需的，因为活性顺序是U − 1 > C − 1 > A − 1 > G − 1，从U − 1到G − 1活性损失>25倍。铽足迹法检测P1.1茎的构象，裂解位点摆动对和催化三叶形转弯的A-次要基序，这取决于N − 1碱基的身份。最紧密折叠的催化核心，类似于反应产物，在U-1野生型前体中发现。分子动力学模拟表明，U − 1在易断裂的磷酸盐周围形成了最强的扭结，使其暴露于催化性的C75中，这是一个以前未被注意到的U形转弯基序，例如在锤头状核酶和tRNA中也发现了。引人注目的是，我们发现，共同的结构U形转弯基序在HDV和锤头状核酶中具有不同的功能。
The genome of the human hepatitis delta virus (HDV) harbors a self-cleaving catalytic RNA motif, the genomic HDV ribozyme, whose crystal structure shows the dangling nucleotides 5′ of the cleavage site projecting away from the catalytic core. This 5′-sequence contains a clinically conserved U − 1 that we find to be essential for fast cleavage, as the order of activity follows U − 1 > C − 1 > A − 1 > G − 1, with a >25-fold activity loss from U − 1 to G − 1. Terbium(III) footprinting detects conformations for the P1.1 stem, the cleavage site wobble pair and the A-minor motif of the catalytic trefoil turn that depend on the identity of the N − 1 base. The most tightly folded catalytic core, resembling that of the reaction product, is found in the U − 1 wild-type precursor. Molecular dynamics simulations demonstrate that a U − 1 forms the most robust kink around the scissile phosphate, exposing it to the catalytic C75 in a previously unnoticed U-turn motif found also, for example, in the hammerhead ribozyme and tRNAs. Strikingly, we find that the common structural U-turn motif serves distinct functions in the HDV and hammerhead ribozymes.
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DOI：
10.1089/oli.1.2000.10.53
发表时间：
2000-02-01
期刊：
ANTISENSE & NUCLEIC ACID DRUG DEVELOPMENT
影响因子：
--
作者：
Deschênes, P;Lafontaine, DA;Perreault, JP
通讯作者：
Perreault, JP
DOI：
10.1002/prot.340110305
发表时间：
1991-01-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
ICHIYE, T;KARPLUS, M
通讯作者：
KARPLUS, M
影响因子：
5.6
作者：
Krasovska, MV;Sefcikova, J;Walter, NG
通讯作者：
Walter, NG
影响因子：
4.4
作者：
JORGENSEN, WL;CHANDRASEKHAR, J;KLEIN, ML
通讯作者：
KLEIN, ML
影响因子：
3.8
作者：
Barone, F;Lankas, F;Mazzei, F
通讯作者：
Mazzei, F