Improvement of Performance, Stability and Continuity by Modified Size-Consistent Multipartitioning Quantum Mechanical/Molecular Mechanical Method.
Improvement of Performance, Stability and Continuity by Modified Size-Consistent Multipartitioning Quantum Mechanical/Molecular Mechanical Method.
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通过修改尺寸一致的多分末期量子机械/分子机械方法改善性能，稳定性和连续性。
DOI：
10.3390/molecules23081882
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发表时间：
2018-07-27
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Watanabe HC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Watanabe HC
对于凝聚体系，将量子化学溶剂效应纳入分子动力学模拟一直是一个主要关注的问题。为此，量子力学/分子力学（QM/MM）技术是处理巨型系统的流行和强大的选择。然而，由于时间和空间的不连续性问题，它们不能直接适用。为了克服这些问题，在以前的研究中，我们提出了一个纠正QM/MM方法，尺寸一致的多分区（SCMP）QM/MM，并成功地证明，使用SCMP，它是可以进行稳定的分子动力学模拟，有效地考虑到溶剂的量子化学效应。SCMP方法的特点是由两个原始功能：所有QM/MM分区之间的QM区域的大小一致性和分区更新。然而，在我们以前的研究中，性能并没有完全引出相比，理论上的上限和最佳的分区更新协议和参数没有得到充分的验证。为了得到潜在的性能，在本研究中，我们简化了理论框架，并修改了分区协议。
For condensed systems, the incorporation of quantum chemical solvent effects into molecular dynamics simulations has been a major concern. To this end, quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) techniques are popular and powerful options to treat gigantic systems. However, they cannot be directly applied because of temporal and spatial discontinuity problems. To overcome these problems, in a previous study, we proposed a corrective QM/MM method, size-consistent multipartitioning (SCMP) QM/MM and successfully demonstrated that, using SCMP, it is possible to perform stable molecular dynamics simulations by effectively taking into account solvent quantum chemical effects. The SCMP method is characterized by two original features: size-consistency of a QM region among all QM/MM partitioning and partitioning update. However, in our previous study, the performance was not fully elicited compared to the theoretical upper bound and the optimal partitioning update protocol and parameters were not fully verified. To elicit the potential performance, in the present study, we simplified the theoretical framework and modified the partitioning protocol.
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