Structural and dynamic determinants of protein-peptide recognition.
Structural and dynamic determinants of protein-peptide recognition.
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DOI：
10.1016/j.str.2011.09.014
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发表时间：
2011-12-07
期刊：
影响因子：
5.7
通讯作者：
Dokholyan, Nikolay V.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dagliyan, Onur;Proctor, Elizabeth A.;D'Auria, Kevin M.;Ding, Feng;Dokholyan, Nikolay V.
蛋白质-肽相互作用在许多细胞过程中发挥重要作用，包括信号转导、运输和免疫识别。结合后蛋白质构象的变化，一个不明确的肽结合表面，和大量的肽自由度，使蛋白质-肽相互作用的预测特别具有挑战性。为了解决这些挑战，我们进行快速的分子动力学模拟，以研究蛋白质-肽结合的能量和动态方面。我们发现，在大多数情况下，我们概括的天然结合位点和天然的蛋白质-肽复合物的姿态。模拟中包含静电相互作用显着提高了预测准确性。我们的研究结果还强调了蛋白质构象灵活性的重要性，特别是侧链运动，这使得肽可以优化其构象。我们的研究结果不仅证明了蛋白质和肽构象的足够采样的重要性，而且还揭示了静电和构象灵活性对肽识别的可能影响。
Protein-peptide interactions play important roles in many cellular processes, including signal transduction, trafficking, and immune recognition. Protein conformational changes upon binding, an ill-defined peptide binding surface, and the large number of peptide degrees of freedom make the prediction of protein-peptide interactions particularly challenging. To address these challenges, we perform rapid molecular dynamics simulations in order to examine the energetic and dynamic aspects of protein-peptide binding. We find that, in most cases, we recapitulate the native binding sites and native-like poses of protein-peptide complexes. Inclusion of electrostatic interactions in simulations significantly improves the prediction accuracy. Our results also highlight the importance of protein conformational flexibility, especially side-chain movement, which allows the peptide to optimize its conformation. Our findings not only demonstrate the importance of sufficient sampling of the protein and peptide conformations, but also reveal the possible effects of electrostatics and conformational flexibility on peptide recognition.
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DOI：
10.1016/s1359-0278(98)00072-8
发表时间：
1998-01-01
期刊：
FOLDING & DESIGN
影响因子：
--
作者：
Dokholyan, NV;Buldyrev, SV;Shakhnovich, EI
通讯作者：
Shakhnovich, EI
影响因子：
--
作者：
Huang B;Schroeder M
通讯作者：
Schroeder M
影响因子：
2.9
作者：
Harris, BZ;Lau, FW;Lim, WA
通讯作者：
Lim, WA
影响因子：
2.9
作者：
BIRDSALL, B;FEENEY, J;ROBERTS, GCK
通讯作者：
ROBERTS, GCK
影响因子：
7.3
作者：
Constantine, Keith L.;Mueller, Luciano;Tokarski, John
通讯作者：
Tokarski, John