The ClpP N-terminus coordinates substrate access with protease active site reactivity.
The ClpP N-terminus coordinates substrate access with protease active site reactivity.
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ClpP N 末端协调底物进入与蛋白酶活性位点反应性。
DOI：
10.1021/bi8010169
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发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Licht,Stuart
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jennings,LauraD;Bohon,Jen;Chance,MarkR;Licht,Stuart
能量依赖性蛋白质降解机器，例如大肠杆菌蛋白酶ClpAP，需要ATP酶组分（ClpA）和蛋白酶组分（ClpP）之间的调节相互作用以实现功能。最近的研究表明，ClpP的N-末端是必不可少的，在这些相互作用，但该地区的动态仍然不清楚。在这里，我们使用同步加速器羟基自由基足迹和动力学研究的特点功能重要的构象变化的ClpP N-末端。足迹实验表明，ClpP的N-末端变得更加溶剂暴露后，与ClpA的相互作用。在缺乏ClpA的情况下，ClpP N-末端的缺失使大肽底物的初始降解速率增加5 - 15倍。与ClpAP不同，ClpPΔN表现出明显的缓慢产物形成阶段，该阶段通过加入羟胺而消除，这表明N末端的截短导致酰基酶中间体的稳定。这些结果表明：（1）ClpP N-末端起着控制底物进入活性位点的“门”的作用，（2）ClpA的结合打开了这个“门”，允许底物进入并形成酰基酶中间体，和（3）关闭N-末端“门”刺激酰基酶水解。
Energy-dependent protein degradation machines, such as theEscherichia coliprotease ClpAP, require regulated interactions between the ATPase component (ClpA) and the protease component (ClpP) for function. Recent studies indicate that the ClpP N-terminus is essential in these interactions, yet the dynamics of this region remain unclear. Here, we use synchrotron hydroxyl radical footprinting and kinetic studies to characterize functionally important conformational changes of the ClpP N-terminus. Footprinting experiments show that the ClpP N-terminus becomes more solvent-exposed upon interaction with ClpA. In the absence of ClpA, deletion of the ClpP N-terminus increases the initial degradation rate of large peptide substrates 5−15-fold. Unlike ClpAP, ClpPΔN exhibits a distinct slow phase of product formation that is eliminated by the addition of hydroxylamine, suggesting that truncation of the N-terminus leads to stabilization of the acyl-enzyme intermediate. These results indicate that (1) the ClpP N-terminus acts as a “gate” controlling substrate access to the active sites, (2) binding of ClpA opens this “gate”, allowing substrate entry and formation of the acyl-enzyme intermediate, and (3) closing of the N-terminal “gate” stimulates acyl-enzyme hydrolysis.
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影响因子：
16
作者：
Köhler, A;Cascio, P;Finley, D
通讯作者：
Finley, D
影响因子：
16
作者：
Kim, YI;Burton, RE;Baker, TA
通讯作者：
Baker, TA
DOI：
10.1038/80992
发表时间：
2000-11-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Groll, M;Bajorek, M;Finley, D
通讯作者：
Finley, D
影响因子：
2.9
作者：
Choi, KH;Licht, S
通讯作者：
Licht, S
影响因子：
16
作者：
Smith, DM;Kafri, G;Goldberg, AL
通讯作者：
Goldberg, AL