Integrating gene expression and clinical data to identify drug repurposing candidates for hyperlipidemia and hypertension.
Integrating gene expression and clinical data to identify drug repurposing candidates for hyperlipidemia and hypertension.
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DOI：
10.1038/s41467-021-27751-1
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发表时间：
2022-01-10
影响因子：
16.6
通讯作者：
Wei WQ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu P;Feng Q;Kerchberger VE;Nelson SD;Chen Q;Li B;Edwards TL;Cox NJ;Phillips EJ;Stein CM;Roden DM;Denny JC;Wei WQ
通过药物再利用，发现现有药物的新用途，可以减少与新药开发相关的时间，成本和失败风险。然而，优先考虑下游研究的药物再利用候选物仍然具有挑战性。在这里，我们提出了一种高通量的方法来识别和验证药物再利用的候选人。这种方法整合了人类基因表达，药物干扰和临床数据，从公开可用的资源。我们应用这种方法来寻找药物再利用候选人的两种疾病，高脂血症和高血压。我们筛选了超过21，000种化合物，并复制了10种获批药物。我们还确定了25种（7种用于高脂血症，18种用于高血压）批准用于其他适应症的药物，对临床相关生物标志物具有治疗作用。其中五种药物的治疗效果在All of Us Research Program数据库中复制。我们预计我们的方法将使研究人员能够整合多个公开可用的数据集，以确定针对人类疾病的高优先级药物再利用机会。为下游研究优先考虑药物再利用候选药物仍然具有挑战性。在这里，作者提出了一种高通量的方法来识别和验证药物再利用候选人，整合人类基因表达，药物干扰和来自公共资源的临床数据。
Discovering novel uses for existing drugs, through drug repurposing, can reduce the time, costs, and risk of failure associated with new drug development. However, prioritizing drug repurposing candidates for downstream studies remains challenging. Here, we present a high-throughput approach to identify and validate drug repurposing candidates. This approach integrates human gene expression, drug perturbation, and clinical data from publicly available resources. We apply this approach to find drug repurposing candidates for two diseases, hyperlipidemia and hypertension. We screen >21,000 compounds and replicate ten approved drugs. We also identify 25 (seven for hyperlipidemia, eighteen for hypertension) drugs approved for other indications with therapeutic effects on clinically relevant biomarkers. For five of these drugs, the therapeutic effects are replicated in the All of Us Research Program database. We anticipate our approach will enable researchers to integrate multiple publicly available datasets to identify high priority drug repurposing opportunities for human diseases. Prioritizing drug repurposing candidates for downstream studies remains challenging. Here, the authors present a high-throughput approach to identify and validate drug repurposing candidates, integrating human gene expression, drug perturbation, and clinical data from publicly available resources.
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DOI：
10.1056/nejmsr1809937
发表时间：
2019-08-15
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
All of Us Research Program Investigators;Denny JC;Rutter JL;Goldstein DB;Philippakis A;Smoller JW;Jenkins G;Dishman E
通讯作者：
Dishman E
影响因子：
2.7
作者：
Correa, V., Jr.;Fuchs, F. D.;Gus, M.
通讯作者：
Gus, M.
影响因子：
56.9
作者：
BROWN, MS;GOLDSTEIN, JL
通讯作者：
GOLDSTEIN, JL
影响因子：
5
作者：
DNISTRIAN, AM;SCHWARTZ, MK;SCHWARTZ, DC
通讯作者：
SCHWARTZ, DC
影响因子：
3
作者：
Elixhauser, A;Steiner, C;Coffey, RN
通讯作者：
Coffey, RN