Comment on "Phylogenetic MCMC algorithms are misleading on mixtures of trees".
Comment on "Phylogenetic MCMC algorithms are misleading on mixtures of trees".
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对“系统发育 MCMC 算法对树的混合物具有误导性”的评论。
DOI：
10.1126/science.1123622
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发表时间：
2006
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
vanderMark,Paul
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Ronquist,Fredrik;Larget,Bret;Huelsenbeck,JohnP;Kadane,JosephB;Simon,Donald;vanderMark,Paul
Mossel和Vigoda（报告，2005年9月30日，第2207页）表明，最近邻交换转换，通常用于系统发育马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）算法，表现不佳的混合物不同的树。然而，导致其结果的条件是人为的。标准的MCMC收敛诊断将检测到真实的数据中的问题，并纠正模型误设定将解决它。
Mossel and Vigoda (Reports, 30 September 2005, p. 2207) show that nearest neighbor interchange transitions, commonly used in phylogenetic Markov chain Monte Carlo (MCMC) algorithms, perform poorly on mixtures of dissimilar trees. However, the conditions leading to their results are artificial. Standard MCMC convergence diagnostics would detect the problem in real data, and correction of the model misspecification would solve it.