In silico identification and experimental validation of insertion-deletion polymorphisms in tomato genome.
In silico identification and experimental validation of insertion-deletion polymorphisms in tomato genome.
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DOI：
10.1093/dnares/dsu008
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发表时间：
2014-08
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Yang W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang J;Wang Y;Shen H;Yang W
使用 MUGSY 软件对番茄品种 Heinz 1706 和 S. pimpinellifolium 种质 LA 1589 的基因组序列进行比较分析，鉴定出 145 695 个插入删除 (InDel) 多态性。对整个番茄基因组中选定的 3029 个候选 InDels（≥2 bp）进行 PCR 验证，82.4% 可以得到验证。在 LA 1589 和 Heinz 1706 之间的 2272 个多态性 InDels 中，8 个 S. pimpinellifolium 种质和 4 个 S. lycopersicum var. var. 种质中的 61.6%、45.2% 和 31.6% 是多态性的。分别是 cerasiforme 和 10 个番茄品种。 S. pimpinellifolium 的遗传距离为 0.216，S. lycopersicum var. 的遗传距离为 0.202。 cerasiforme 中，S. lycopersicum 中为 0.108。数据表明，从 S. pimpinellifolium 到 S. lycopersicum var. 的遗传变异有所减少。 cerasiforme 和 S. lycopersicum。聚类分析表明，8份S. pimpinellifolium材料为一组，4份S. lycopersicum var. 为一组。 cerasiforme 和 10 个番茄品种属于同一组。
Comparative analysis of the genome sequences of Solanum lycopersicum variety Heinz 1706 and S. pimpinellifolium accession LA 1589 using MUGSY software identified 145 695 insertion–deletion (InDel) polymorphisms. A selected set of 3029 candidate InDels (≥2 bp) across the entire tomato genome were subjected to PCR validation, and 82.4% could be verified. Of 2272 polymorphic InDels between LA 1589 and Heinz 1706, 61.6, 45.2, and 31.6% were polymorphic in 8 accessions of S. pimpinellifolium, 4 accessions of S. lycopersicum var. cerasiforme, and 10 varieties of S. lycopersicum, respectively. Genetic distance was 0.216 in S. pimpinellifolium, 0.202 in S. lycopersicum var. cerasiforme, and 0.108 in S. lycopersicum. The data suggested a reduction of genetic variation from S. pimpinellifolium to S. lycopersicum var. cerasiforme and S. lycopersicum. Cluster analysis showed that the 8 accessions of S. pimpinellifolium were in one group, whereas 4 accessions of S. lycopersicum var. cerasiforme and 10 varieties of S. lycopersicum were in the same group.
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DOI：
10.1093/dnares/dst005
发表时间：
2013-06
期刊：
DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes
影响因子：
--
作者：
Hirakawa H;Shirasawa K;Ohyama A;Fukuoka H;Aoki K;Rothan C;Sato S;Isobe S;Tabata S
通讯作者：
Tabata S
影响因子：
5.4
作者：
MILLER, JC;TANKSLEY, SD
通讯作者：
TANKSLEY, SD
影响因子：
56.9
作者：
COLLINS, FS;DRUMM, ML;IANNUZZI, MC
通讯作者：
IANNUZZI, MC
影响因子：
3.1
作者：
Labate, JA;Baldo, AM
通讯作者：
Baldo, AM
影响因子：
3.5
作者：
Mullaney, Julienne M.;Mills, Ryan E.;Devine, Scott E.
通讯作者：
Devine, Scott E.