Single-species microarrays and comparative transcriptomics.
Single-species microarrays and comparative transcriptomics.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0003279
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发表时间：
2008-09-25
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Evans, Ben J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chain, Frederic J. J.;Ilieva, Dora;Evans, Ben J.
预制表达微阵列目前仅适用于少数物种，但已经提出了将其应用扩展到不同基因组之间比较的方法。在这里，我们证明了基因组DNA的杂交强度是选择Affymetrix表达阵列上的无偏探针进行比较转录组学研究的不良基础，并且这样做会产生虚假的结果。我们使用Affymetrix非洲爪蟾微阵列来评估非洲爪蟾、北方爪蟾及其F1杂交种之间的表达差异。当使用探针分析数据时，只询问在两个物种中确认身份的序列，我们恢复了使用基因组DNA杂交选择探针的结果。我们的研究结果对使用单物种微阵列的比较表达研究的实验设计以及我们对杂交爪蛙的不同表达的理解具有启示意义。这些发现也突出了单物种微阵列在多倍体物种比较转录组学研究中的重要局限性。
Prefabricated expression microarrays are currently available for only a few species but methods have been proposed to extend their application to comparisons between divergent genomes. Here we demonstrate that the hybridization intensity of genomic DNA is a poor basis on which to select unbiased probes on Affymetrix expression arrays for studies of comparative transcriptomics, and that doing so produces spurious results. We used the Affymetrix Xenopus laevis microarray to evaluate expression divergence between X. laevis, X. borealis, and their F1 hybrids. When data are analyzed with probes that interrogate only sequences with confirmed identity in both species, we recover results that differ substantially analyses that use genomic DNA hybridizations to select probes. Our findings have implications for the experimental design of comparative expression studies that use single-species microarrays, and for our understanding of divergent expression in hybrid clawed frogs. These findings also highlight important limitations of single-species microarrays for studies of comparative transcriptomics of polyploid species.
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影响因子：
4.4
作者：
Grigoryev DN;Ma SF;Simon BA;Irizarry RA;Ye SQ;Garcia JG
通讯作者：
Garcia JG
影响因子：
9.4
作者：
Hammond, JP;Bowen, HC;Broadley, MR
通讯作者：
Broadley, MR
影响因子：
5.8
作者：
Cope, LM;Irizarry, RA;Speed, TP
通讯作者：
Speed, TP
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
7
作者：
Gilad, Y;Rifkin, SA;White, KP
通讯作者：
White, KP