ProteinVolume: calculating molecular van der Waals and void volumes in proteins.
ProteinVolume: calculating molecular van der Waals and void volumes in proteins.
复制标题
DOI：
10.1186/s12859-015-0531-2
复制
发表时间：
2015-03-26
影响因子：
3
通讯作者：
Makhatadze GI
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen CR;Makhatadze GI
天然蛋白质结构中的空隙和空腔决定了蛋白质的压力展开。此外，由于蛋白质去折叠时新暴露的原子与溶剂的相互作用而引起的体积变化也有助于蛋白质的压力去折叠。定量了解这些影响是很重要的预测和设计蛋白质与预定义的响应，在静水压力的变化，使用计算方法。分子表面体积是描述几何体积（包括货车德瓦耳斯体积和空隙体积）对溶液中蛋白质总体积的贡献的有用度量，从而分离水合作用的影响以用于单独计算。我们开发了ProteinVolume，这是一个非常强大且易于使用的工具，用于计算蛋白质的几何体积。ProteinVolume生成蛋白质的分子表面，并使用创新的洪水填充算法来计算分子表面体积、货车范德华体积和分子内空隙体积的各个组成部分。ProteinVolume用户友好，可作为Web服务器或独立于平台的命令行版本提供。ProteinVolume是一个高度准确和快速的应用程序，用于询问蛋白质的几何体积。ProteinVolume是一个免费的Web服务器，可在http://gmlab.bio.rpi.edu上获得。独立于平台的基于Java的ProteinVolume可执行文件也可以在这个网站上免费获得。本文的在线版本（doi：10.1186/s12859-015-0531-2）包含补充材料，可供授权用户使用。
Voids and cavities in the native protein structure determine the pressure unfolding of proteins. In addition, the volume changes due to the interaction of newly exposed atoms with solvent upon protein unfolding also contribute to the pressure unfolding of proteins. Quantitative understanding of these effects is important for predicting and designing proteins with predefined response to changes in hydrostatic pressure using computational approaches. The molecular surface volume is a useful metric that describes contribution of geometrical volume, which includes van der Waals volume and volume of the voids, to the total volume of a protein in solution, thus isolating the effects of hydration for separate calculations. We developed ProteinVolume, a highly robust and easy-to-use tool to compute geometric volumes of proteins. ProteinVolume generates the molecular surface of a protein and uses an innovative flood-fill algorithm to calculate the individual components of the molecular surface volume, van der Waals and intramolecular void volumes. ProteinVolume is user friendly and is available as a web-server or a platform-independent command-line version. ProteinVolume is a highly accurate and fast application to interrogate geometric volumes of proteins. ProteinVolume is a free web server available on http://gmlab.bio.rpi.edu. Free-standing platform-independent Java-based ProteinVolume executable is also freely available at this web site. The online version of this article (doi:10.1186/s12859-015-0531-2) contains supplementary material, which is available to authorized users.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.6
作者：
Fleming, PJ;Richards, FM
通讯作者：
Richards, FM
影响因子：
5.8
作者：
Pronk, Sander;Pall, Szilard;Lindahl, Erik
通讯作者：
Lindahl, Erik
影响因子：
5.6
作者：
Cuff, AL;Martin, ACR
通讯作者：
Martin, ACR
影响因子：
--
作者：
BONDI, A
通讯作者：
BONDI, A
DOI：
10.1107/s0907444993011333
发表时间：
1994-03-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY
影响因子：
--
作者：
KLEYWEGT, GJ;JONES, TA
通讯作者：
JONES, TA