Idealized models of protofilaments of human islet amyloid polypeptide.
Idealized models of protofilaments of human islet amyloid polypeptide.
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DOI：
10.1021/ci300300e
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发表时间：
2012-11-26
影响因子：
5.6
通讯作者：
Haworth IS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li Y;Hatmal MM;Langen R;Haworth IS
在大多数II型糖尿病患者中发现了由人胰岛淀粉样多肽（hIAPP）组装形成的原纤维。在结构上，这些原纤维由多个原丝组成，其特征在于延伸的β片层、可变的螺旋扭曲和不同的形态。我们以前推导出的hIAPP原丝模型使用模拟EPR光谱数据的约束。在目前的工作中，这些模型被用来作为一个基础，使用一种新的算法，MFIBRIL产生理想化的hIAPP原丝与对称的几何特性。我们表现出良好的协议的理想化的原丝与实验数据的氨基酸侧链的方向和几何特征，包括β片层间的距离和原丝半径。这些理想化的原丝可用于MFIBRIL中以产生可在分子水平上实验测试的原纤维模型。MFIBRIL也可用于从任何来源获得的单个结构单元开始构建任何重复分子组装的结构。
Fibrils formed by assembly of human islet amyloid polypeptide (hIAPP) are found in most patients with type II diabetes. Structurally, these fibrils are composed of multiple protofilaments and are characterized by extended beta sheets, variable helical twists, and different morphologies. We have previously derived models for the hIAPP protofilament using simulations constrained by data from EPR spectroscopy. In the current work, these models were used as a basis for generating idealized hIAPP protofilaments with symmetrical geometrical properties using a new algorithm, MFIBRIL. We show good agreement of the idealized protofilaments with experimental data for amino acid side chain orientations and geometrical features including the inter-beta sheet distance and the protofilament radius. These idealized protofilaments can be used in MFIBRIL to generate fibril models that may be experimentally testable at the molecular level. MFIBRIL can also be used for building structures of any repetitive molecular assembly starting with a single building block obtained from any source.
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