Transformation with oligonucleotides creating clustered changes in the yeast genome.
Transformation with oligonucleotides creating clustered changes in the yeast genome.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0042905
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Crouse GF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rodriguez GP;Song JB;Crouse GF
我们已经研究了酵母的单链寡核苷酸转化，方法是使用40个核苷酸长的寡聚核苷酸，它会对酵母基因组产生多个碱基变化，分布在整个寡聚核苷酸长度上，从而可以测量在转化过程中并入的寡聚核苷酸的部分。尽管DNA错配修复(MMR)极大地抑制了转化过程，但在存在或不存在MMR的情况下，无论寡聚是否退回到DNA复制的领先链或滞后链，或者是否在两端都使用硫代键，掺入模式基本上是相同的。一个约15nT的中心核以90%的频率合并；末端以较低的频率合并，两端的损失似乎是由不同的机制造成的。距离5‘端5-10个碱基的碱基通常丢失的频率为95%，很可能是通过切除皮瓣的过程。在3‘端，距离3’端5-10个碱基的碱基丢失约1/3。这些结果表明，即使在MMR存在的情况下，寡核苷酸也可以用来对酵母基因组产生多个同时的变化。
We have studied single-strand oligonucleotide (oligo) transformation of yeast by using 40-nt long oligos that create multiple base changes to the yeast genome spread throughout the length of the oligos, making it possible to measure the portions of an oligo that are incorporated during transformation. Although the transformation process is greatly inhibited by DNA mismatch repair (MMR), the pattern of incorporation is essentially the same in the presence or absence of MMR, whether the oligo anneals to the leading or lagging strand of DNA replication, or whether phosphorothioate linkages are used at either end. A central core of approximately 15 nt is incorporated with a frequency of >90%; the ends are incorporated with a lower frequency, and loss of the two ends appears to be by different mechanisms. Bases that are 5–10 nt from the 5′ end are generally lost with a frequency of >95%, likely through a process involving flap excision. On the 3′ end, bases 5–10 nt from the 3′ end are lost about 1/3 of the time. These results indicate that oligos can be used to create multiple simultaneous changes to the yeast genome, even in the presence of MMR.
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DOI：
10.1126/science.1210770
发表时间：
2011-12-23
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Hombauer H;Srivatsan A;Putnam CD;Kolodner RD
通讯作者：
Kolodner RD
影响因子：
3.5
作者：
Papaioannou, Ioannis;Disterer, Petra;Owen, James S.
通讯作者：
Owen, James S.
影响因子：
--
作者：
Hegele, Heike;Wuepping, Matthias;Kaufmann, Dieter
通讯作者：
Kaufmann, Dieter
真核铅和滞后链DNA聚合酶通过单独的机制加载到引物上，但在PCNA存在下具有可比的加工性。
影响因子：
14.9
作者：
Chilkova O;Stenlund P;Isoz I;Stith CM;Grabowski P;Lundström EB;Burgers PM;Johansson E
通讯作者：
Johansson E
DOI：
10.1016/j.mrfmmm.2009.05.004
发表时间：
2009-10-02
影响因子：
2.3
作者：
Bonner, Melissa;Kmiec, Eric B.
通讯作者：
Kmiec, Eric B.