A framework for integrated clinical risk assessment using population sequencing data
A framework for integrated clinical risk assessment using population sequencing data
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使用群体测序数据进行综合临床风险评估的框架
DOI：
10.1101/2021.08.12.21261563
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发表时间：
2021
影响因子：
11.1
通讯作者：
C. Cassa
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
J. Fife;T. Tran;J. Bernatchez;K. Shepard;C. Koch;A. P. Patel;A. Fahed;S. Krishnamurthy;R. Genetics Center;D. Collaboration;W. Wang;A. Buchanan;D. Carey;R. Metpally;A. Khera;M. Lebo;C. Cassa
即使在已确定的疾病基因中，遗传变异的临床风险预测仍然具有挑战性，因为许多变异非常罕见，以至于无法进行流行病学评估。使用来自 200,625 名个体的数据，我们整合了个体水平、变异水平和蛋白质区域风险因素，以估计具有罕见错义变异的个体的个性化临床风险。这些估计值与乳腺癌 (BC) 和家族性高胆固醇血症 (FH) 基因的临床结果高度一致，我们在独立队列 ({chi}2) 中验证了那些具有较高疾病风险与人群水平疾病风险的患者之间的差异（对数排序 p<10-5，风险比=3.71 [3.53, 3.90] BC，风险比=4.71 [4.50, 4.92] FH） p=9.9x10-4 BC，{chi}2 p=3.72x10-16 FH)。尤其是在 FH 基因中，我们预测在考虑所有患者和变异特征时，64% 具有实验室分类致病性变异的生物库患者的冠状动脉疾病 (CAD) 风险不会增加。这些患者的 CAD 风险与没有单基因变异的个体没有显着差异 (logrank p=0.68)。此类评估可能有助于优化临床监测、遗传咨询和干预，并证明需要在人群筛查中采用更细致的方法。
Clinical risk prediction for genetic variants remains challenging even in established disease genes, as many are so rare that epidemiological assessment is not possible. Using data from 200,625 individuals, we integrate individual-level, variant-level, and protein region risk factors to estimate personalized clinical risk for individuals with rare missense variants. These estimates are highly concordant with clinical outcomes in breast cancer (BC) and familial hypercholesterolemia (FH) genes, where we distinguish between those with elevated versus population-level disease risk (logrank p<10-5, Risk Ratio=3.71 [3.53, 3.90] BC, Risk Ratio=4.71 [4.50, 4.92] FH), validated in an independent cohort ({chi}2 p=9.9x10-4 BC, {chi}2 p=3.72x10-16 FH). Notably in FH genes, we predict that 64% of biobank patients with laboratory-classified pathogenic variants are not at increased coronary artery disease (CAD) risk when considering all patient and variant characteristics. These patients have no significant difference in CAD risk from individuals without a monogenic variant (logrank p=0.68). Such assessments may be useful for optimizing clinical surveillance, genetic counseling, and intervention, and demonstrate the need for more nuanced approaches in population screening.
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Thornburg,JT
影响因子：
158.5
作者：
Cohen, JC;Boerwinkle, E;Hobbs, HH
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Hobbs, HH
DOI：
10.1056/nejmsr1406261
发表时间：
2015-06-04
期刊：
The New England journal of medicine
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--
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