Dynamic maintenance of molecular surfaces under conformational changes
Dynamic maintenance of molecular surfaces under conformational changes
复制标题
构象变化下分子表面的动态维持
DOI：
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发表时间：
2005
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
D. Halperin
中科院分区：
文献类型：
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作者：
E. Eyal;D. Halperin
我们提出了一个有效的算法，保持蛋白质分子的边界和表面积，因为它们经历构象变化。我们还描述了一个强大的实现算法和报告的实验结果与我们的实现蛋白质与数百个残基。我们的工作扩展并结合了两个先前的结果：（i）静态分子表面的受控扰动[18]，以及（ii）改变构象的蛋白质的自碰撞测试和能量维持的数据结构[26]。由于我们的方法保持了边界表面和分子中空隙的高度准确的表示，它可以在各种应用中，如Monte Carlo模拟或分子动力学模拟是有用的。此外，我们提出并分析了一种替代方法，有效地重新计算下的构象（因此拓扑）变化的基础上，有效的动态维护图的连通性的技术的表面积，这种方法的实施的初步结果显示出很大的希望。
We present an efficient algorithm for maintaining the boundary and surface area of protein molecules as they undergo conformational changes. We also describe a robust implementation of the algorithm and report on experimental results with our implementation on proteins with hundreds of residues. Our work extends and combines two previous results: (i) controlled perturbation for static molecular surfaces [18], and (ii) data structures for self-collision testing and energy maintenance of proteins that change conformation [26]. As our method keeps a highly accurate representation of the boundary surface and of the voids in the molecule, it can be useful in various applications such as Monte Carlo Simulation or Molecular Dynamics Simulation. In addition we propose and analyze an alternative method for efficiently recalculating the surface area under conformational (and hence topological) changes based on techniques for efficient dynamic maintenance of graph connectivity; initial results of the implementation of this method show great promise.
影响因子：
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作者：
Sanner,MF;Olson,AJ
通讯作者：
Olson,AJ