Microarray-based DNA resequencing using 3' blocked primers.
Microarray-based DNA resequencing using 3' blocked primers.
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使用 3 封闭引物进行基于微阵列的 DNA 重测序。
DOI：
10.1016/j.ab.2007.10.044
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发表时间：
2008
影响因子：
2.9
通讯作者：
Liu,Qiang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sram,Jakub;Sommer,SteveS;Liu,Qiang
为了超越传统测序技术的通量和准确性，我们测试了一种使用3 '阻断引物（P∗s）的核酸扩增方法（焦磷裂解活化聚合[PAP]）。作为原理证明，我们用P * s微阵列重新测序了因子IX基因的20bp区域。P * s对3′端错配具有超高特异性，对3′端长度的错配具有高特异性。我们正确地鉴定了两个野生型样本以及所有错配，包括三个单碱基替换，一个微缺失，一个微插入和一个杂合突变。尽管引物纯度有限，但匹配和不匹配的P * s之间的信噪比有时超过1000。因此，PAP重测序在基于微阵列的精确和高通量重测序方面显示出巨大的潜力。
To exceed the throughput and accuracy of conventional sequencing technologies, we tested a method (pyrophosphorolysis-activated polymerization [PAP]) of nucleic acid amplification that uses 3′ blocked primers (P∗s). As proof-of-principle, we resequenced a 20-bp region of the factor IX gene with a microarray of P∗s. P∗s discriminate 3′ end mismatches with ultra-high specificity as well as mismatches along their lengths with high specificity. We correctly identified two wild-type samples as well as all mismatches, including three single-base substitutions, one microdeletion, one microinsertion, and one heterozygous mutation. Despite limitations in the primer purity, the signal/noise ratio between the matched and mismatched P∗s sometimes exceeded 1000. Thus, PAP resequencing shows great potential for accurate and high-throughput microarray-based resequencing.
DOI：
10.1016/j.mrfmmm.2004.03.009
发表时间：
2004-10-04
影响因子：
2.3
作者：
Käller, M;Ahmadian, A;Lundeberg, J
通讯作者：
Lundeberg, J
影响因子：
14.9
作者：
Liu, Q;Sommer, SS
通讯作者：
Sommer, SS
合成寡脱氧核糖核苷酸与 phi chi 174 DNA 的杂交：单碱基对错配的影响。
影响因子：
14.9
作者：
R. Wallace;J. Shaffer;R. F. Murphy;J. Bonner;T. Hirose;K. Itakura
通讯作者：
K. Itakura